国家杰出青年科学基金1994年由国务院批准设立，截止到2014年，“杰青基金”共分20个批次资助了3004人 ，“杰青基金”资助的学科数量由成立之初的36门扩展到后来的的67门 。
“杰青基金”资助人数从设立之初的每年资助50人到后来稳定在200人左右，再到2019年的300人左右，资助力度及覆盖学科数量都有大幅增加，资助范围面向全国，不针对某一领域或部门 ，而是涵盖了自然科学全部领域；因为“杰青”评选的公信力，以及已获得“杰青”资助的科学家所取得的斐然成就，所以“杰青”申请的竞争一直非常激烈。
“杰青基金”已经成为我国高端人才资助计划的引领者，是科学家的科研事业走向成功的源头和标志之一，“杰青”也成为国内仅次于两院院士的第二层次高端人才，是科学领域评判创新潜力与学术水平的权威标尺。
陈章良回忆：“1994年春节前夕，我接到通知，要我到中南海参加时任国务院总理的李鹏同志主持召开的科技界部分专家讨论修改政府工作报告的座谈会。会上被邀请发言的还有杨乐等5位中青年科学家，每人发言10分钟。也可能因为我最年轻，因此只给了我5分钟。”
90年代初，我国科研队伍状况令人担忧，人才老化、后继乏人问题相当严重。那时，科研一线的学科带头人的年龄基本上都在50岁以上。据统计，1992年，中国科学院的研究员平均年龄为53岁，全国高校的教授中56岁以上的占80%。科技人才面临“青黄不接”的形势，令科技界很多专家忧心忡忡。
陈章良回忆说：“当时不仅人才老化问题严重，而且人才引进也很困难。不少学有所成的海外留学人员也考虑返回祖国工作，但是，他们最为担心的是国内的科研经费不能得到保障。”
那天，在中南海的发言中，陈章良是这样说的：“我们应该借鉴美国的一些做法，例如，美国用总统基金资助杰出青年科学家，并邀请他们到白宫做客。我们是否每年也能从总理基金中拿出5000万元人民币，资助100位海外留学的青年学者回国效力？可以的话，10年之后，就有1000位年轻的科学家得到资助，诺贝尔奖得主就有可能从他们中产生。”
年轻人的这番话把大家逗乐了。因为当时国家基金面上项目每年资助的经费只有2万～3万元，大家认为陈章良的建议有点不切合实际。
李鹏也笑了，他说：“我的总理基金并没有多少钱，大家却都盯上了 。”
很快就是元宵节，陈章良应邀参加党和国家领导人出席的元宵节招待会，李鹏一见陈章良就对他说：“我认为你提的建议可行，尽快写一个报告交给科委（科技部），不要太长，有两页纸就可以。”
经多方共同努力，大约是1994年3月初，李鹏在国家自然科学基金委员会呈递的报告上作出批示，批准划拨专款，设立这项支持青年科学家的基金，定名为“国家杰出青年科学基金”，并由国家自然科学基金委员会负责管理，宗旨是促进青年科学技术人才的成长，鼓励海外学者回国工作，加速培养造就一批进入世界科技前沿的优秀学术带头人。当年，49位青年学者获得了该基金的资助。陈章良也应邀担任了“国家杰出青年科学基金”第一届评委。
陈章良说，在评审过程中，专家们重在考察申请者以往的工作业绩、科学素养以及学风和学术道德，是否具有创新研究能力，并实施异议期制度，整个评审过程充分体现了“公开、公平、公正”的原则，使该项基金始终保持着良好声誉 。
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