样品前处理中,应该提供给的基本信息。
样品的前处理是一个宽泛的话题,针对与不同的样本,如组织,细胞,体液等,前处理的方法也大有不同。但是,为了能够保证实验的可重复性,以及为样本信息的完整性提供有说服力的证据,我们非常有必要提供给研究者完整的样品前处理的方法。在样品前处理的过程中,初始的操作大致相同,但是最后的步骤往往会因为使用的分析技术的不同而有所差异。
因此,这里先提供在样品前处理初始操作中应该包括的基本信息,与分析技术相关的前处理方法,在仪器部分再详细阐述。以下信息的汇总,来源于多个Metabolomics Standards Initiative (MSI)课题组,为大家提供在样品前处理过程中应该考虑的一些重点问题。
1. 采样的过程和方法:
重复采样和分析:所有的生物体内都存在这生物学的差异,所以为了为数据的评价和解释提供统计学的基础,我们需要采集多个样本进行分析。建议每个样本至少重复三次,最佳方案为重复五次。由于生物学的差异往往会超过样品分析的差异,因此,相比于比分析的重复(即重复的分析来自于相同个体的样本),更加推荐使用生物学的重复(即重复分析来源于不同个体的样本)。
组织样本的收集:应该提供的信息包括样本冷冻的方法(如液氮、干冰、丙酮浴等);样本清洗方法(洗去不必要的成分);组织收集所用的时间(例如组织样本从手术切除结束到液氮冷冻的时间);在进一步样本分析之前的储藏温度和时间(例如-80℃储存2周)。如果条件允许,可以提供所有步骤中操作时的温度;当然如果进行了温度监测,切并未有异常出现,设置温度点是可以接受的。
生物液体的收集:应该提供的信息包括注射器;用于采血的真空系统/真空采血管;储存容器和抗凝血剂;离心的温度,速度和持续时间以及样品冷冻方法。
组织样本的处理:应该提供的信息包括冷冻干;新鲜组织处理;粉碎/匀浆;组织细胞溶解(例如液氮研磨,手动或电动匀浆,超声波细胞裂解,基于缓冲液的溶解等)。
在样本提取之前的存储条件,如-80℃、储存时间、常压还是真空,干燥剂、防腐剂的加入。
组织样本转移的信息,如从一个实验室转移到另外一个实验室
2. 提取方法:
溶剂的选用,缓冲液的pH值,组织提取时所使用溶剂的温度和体积,重复提取的次数,提取的顺序和提取的时间。
值得注意的是,溶剂的脱气对于减少一些化合物如抗坏血酸,半胱氨酸等的氧化还原反应是非常必要的。
3. 提取物的浓缩,稀释倍数,和复溶过程:
如氮气吹干,在水中复溶。
4. 提取物的富集:
固相萃取(固相萃取柱的质量/体积、洗脱剂、吸附剂、生产商)
脱盐、分子量的截留、以及离子交换等。
5. 提取物的纯化或者其他额外操作:
超滤、去除顺磁离子、加入金属螯合物如EDTA、柠檬酸盐
6. 提取物的存储和转移
样品分析前和分析过程中的储存条件
样本转移的信息,如从一个实验室转移到另外一个实验室
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