Skyline处理DIA数据（三数据分析步骤1

选择双击上一讲中所示的blankdocument，出现下面画面，就可以开始动手分析数据啦：

 

在这里主要分为两大块：A. 设置参数，包括肽段的参数设置(PeptidesSettings)和离子的参数设置(TransitionSettings)；B. 数据输入与输出。

A．   参数设置

A.1 肽段的参数设置(PeptidesSettings)

1.1 创建背景蛋白质组库

    做这一步的目的就像是你在使用其他搜库软件要提前加上一个库一样，不过Skyline不做假阳性率（FDR）的计算，它可以利用这个背景库（.fasta的文件）对你所要分析的肽段做个背景解释，比如某一条肽段属于哪个蛋白质，蛋白质的属性等等。

    操作步骤：

1. 点击“Settings”-->“PeptideSittings”，然后出现下图：

2.  选择“Digestion”，在这一栏中，你可以在“Enzyme”中选择你实验中所使用的酶；在“Maxmissed cleavages”中选择肽段中没有剪切的最大个数；在“Backgroundproteome”中构建你的背景蛋白质库；

3.  点击“Backgroundproteome”的下拉列表，选择“Add”，新增一个（如果已有现成的，你可以点击“Editcurrent”编辑当前的背景蛋白质库），然后出现下图：

4.  在“Name”中取一个名字；如果你是第一次创建背景蛋白质库，就点击“Create”，然后在弹出的对话框中写个名字，点击OK保存即可，如果已有现成的背景库，那么你可以点击“Open”打开；点击“AddFile”添加fasta文件，最后点击OK，即可创建完背景蛋白质库。

​1.2设置保留时间

     早这里我们使用后面将要建的谱图库里面的保留时间，所以进行如下设置：

 

图中标识1就表明我们使用检测到肽段的保留时间，即是使用所建谱图库中的保留时间，否则你就要自己在“Retentiontimepredictor”中再重新设计保留时间（这里先不讲述）。标识2写入时间窗口，它标识Skyline将会以谱图库中保留时间为中心，在这个设定的时间窗口中寻找比轨迹较好的谱图。

1.3 肽段过滤设置

将一些比较极端的肽段筛选出去：

图中标识1选择要保留的肽段的长度（这里我们保留7-45个氨基酸），标识2是让软件自动根据我们所设置的条件进行筛选肽段，否则你就要手动自己筛选。

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