脑的主要生理机能是主宰生命活动，主精神意识和主感觉运动。我们从这三个方面开始论述。
1.主宰生命活动。
《本草纲目》说，“脑为元神之府，”是生命的枢机，主宰人体的生命活动。元神来自先天，由先天之精化生，先天元气充养，称为先天之神。人在出生之前，随形俱而生之神，即为元神。如《灵枢·本神》说，“两精相搏谓之神。”《灵枢》说，“人始生，先成精，精成而脑髓生。”元神藏于脑中，为生命之主宰，元神存则生命在，元神败则生命逝。得神则生，失神则死。
2.主精神意识，或者说精神活动。
人的精神活动包括思维意识和情志活动等，都是客观外界事物反映于脑的结果。思维意识是精神活动的高级形式，是在元神之腑脑的调控下，通过新的“任物”作用（任物来自《灵枢·本神》）与后天获得的结果，属后天之神，又称识神。《灵枢·本神》说，“所以任物者谓之心。”心是思维的主要器官，而脑为髓海，也主人的思维意识和记忆。人的思维意识是在元神的调控下于后天获得的思维活动，属识神的范畴。识神是思维认知之神，属后天之神。情志活动是人对外界刺激的情绪反应，与人的情感、欲望等心身需求有关，故属于欲神范畴。因此脑的精神意识、思维活动的这个枢纽、脑主精神意识的功能正常，则精神饱满，意识清楚，思维灵敏，记忆力强，语音清晰，情志正常。否则，就会出现精神思维以及情志方面的异常。在脏腑辨证中，我们将脑的这部分精神意识归为了心和肾，因为中医学是以五脏为中心，所以我们大多将这些精神活动归为心和肾，没有专门对脑的脏腑辨证，因为它属于奇恒之腑，它的很多功能我们以五脏为中心归为了心和肾。
3.主感觉运动。
口、舌、眼、鼻、耳，五官诸窍皆位于头面，与脑相通，人的视、听、言、动等皆与脑有密切关系。脑主元神，神能御气，散动觉之气于筋而达百节，令之运动，故脑能统领肢体运动。脑海即髓海充盈，主感觉运动功能正常，则视物清明，听力正常，嗅觉灵敏，感觉无碍，运动如常，轻劲多力。若髓海不足，主感觉运动功能失常，不论虚实，都会出现听觉失聪，视物不明，嗅觉不灵，感觉障碍，运动不能，懈怠安卧，所以，主感觉运动的髓海是否充盈，我们把它归为了肾的范畴，所以，我们说补肾填髓，在五脏当中，如果出现了这些病症的话，大多数从肾来论述。由于肝肾同源，有些视物模糊也从肝肾一起考虑，比方说视物模糊的用杞菊地黄丸，听力异常的用耳聋左慈丸，这些全都是从肝肾论治，以肾为主。总之，脑髓充则神全，神全则气行，气行则有气机、感觉和运动。
