咽喉可以细分两个部位。咽是口腔可见的门户，食物由此进入；喉就是管，是食物进入体内的通道，两者位置及作用略有不同。
咽喉是上焦最上的末端，当体内三焦脏腑之热往上走时，就容易停留于此。若见“咽痛”“喉痛”，代表热邪已入阴分，进入下焦营血或肝肾。
《温病条辨》的银翘散证，将咽痛列在加减法下，“项肿咽痛者，加马勃、元参”，可知银翘散的原方并非用于治疗咽痛。
“咽痛者”是否包括喉咙肿痛？从病机上推测亦合理，原文说“项肿”，与喉咙位置相近，热气上行均可影响咽和喉，甚至颈部。
一般首先影响咽，咽是热上炎能到达的上焦最高的位置，热势更重则影响喉咙甚至颈项。
马勃、玄参是清热解毒、利咽之药，而玄参入阴分，清下焦肝肾之火，养阴生津。马勃、玄参祛除气分及血分之热，此加减法是加强清除颈项或咽喉之热，而这热是从下焦升起的。
《温病条辨》的桑菊饮加减法：“舌绛，暮热甚燥，邪初入营，加元参二钱”，可知玄参能进入营分、下焦肝血。
这类似仲景少阴病出现咽痛的机理，少阴病独有的咽痛 证反映邪气进入下焦，最终导致热在上焦。
这个热的来源，是由于热在下焦，然后热往上走，留于咽中而呈现咽痛。
《温病条辨》对于咽痛机理又详加论述：“咽痛者，经谓'一阴一阳结，谓之喉痹’。盖少阴少阳之脉，皆循喉咙，少阴主君火，少阳主相火，相济为灾也……再加元参、牛蒡、板蓝根，败毒而利肺气，补肾水以上济邪火。”
简而言之，咽痛与在上之火和在下之火有关，在下之火可上行使在上之火更显著，需考虑肺与肾的问题，广义来说就是上焦和下焦气的问题，所以要考虑用上焦和下焦的药。
由此可见，外感风热不一定出现咽痛，咽痛亦非其主要辨证要点。
按照张仲景的理论，咽痛成因可分虚火或实火。
实火是由于邪气进入下焦，不管是什么邪气都可，例如寒邪进入下焦后，因为正气充足能够抗邪而化热，这种热就是实火、实热，其热可以流通周身，可以上行而导致咽痛。
虚火则是因上焦气虚，导致下焦之卫气上逆，即客气的机理。
就算是实火咽痛，亦可以同时伴有虚火，所以实火之咽痛证情较为严重。
进一步来说，咽痛的病机颇为复杂，属于寒热错杂之证。
首先，凡是疼痛都为寒邪所致，寒邪进入络脉，因此咽喉部感受寒邪，导致咽喉络脉不通而疼痛。可是一般咽喉不容易受邪，因为咽喉是上焦之末端，该处气血充足，你照镜子看看咽喉的颜色就知道什么是气血充足了。
而当下焦气血不足时，上焦的气血也容易不足，因此容易受邪；上焦虚后，自然就会产生虚火上炎；虚热上行到咽喉，则咽喉津液受伤，导致该处之气更虚，又更容易受寒邪，津液虚又难以带走邪气，故此形成恶性循环而难自愈。
因此说凡是咽痛都是因为有热，其实质都是因为寒热错杂。因此治疗咽痛，并非只是清热或者祛寒就可，需要看上下焦的寒热虚实而治。咽痛因为同时有实火或虚火 上行，一般出现咽喉肿而痛，或者咽干而痛，故此种咽痛的不适感觉较为明显。
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