中国古来有一个政教合一的政治传统和教育传统，这个传统一直传承至今而从未发生实质性改变。只要这个传统仍然不改，仍然是政教合一，仍然是教育被纳入国家政治体系而作为国家政治的一个附庸而存在，从而相应地学校被纳入国家行政体系而作为行政机关的一个附庸而存在，中国的教育就会一如既往地保持其固有的运行模式，而不可能发生任何实质性改变。
被纳入政治体系的教育，本质上是政治教育，即使加入了科技内容，也仍无改其教育的政治本性，在其体系中，科技也和伦理一样是从属和服务于政治的一种特殊手段。伦理从属和服务于政治的结果是道德被政治化，成为国家道德；科技从属和服务于政治的结果是知识被政治化，成为国家知识。国家道德和国家知识的共性特点是道德主体和知识主体都缺乏意志自由，因此，其道德活动和知识活动便不是受其内在的自由意志支配，而是受其外在的国家意志支配，从而求善的伦理活动和求知的学术活动便都成了受国家强制力压迫而不得不接受的政治工作和不得不去完成的政治任务。
——在改革开放以前，这种政治工作做得不好和政治任务完成得不好，被认为是“政治觉悟不高”的表现——若为党员则被认为是“党性不纯”的表现，从而就会受到相应的政治打压（例如被扣上“对党不忠”的帽子）；
——改革开放以来，尤其市场经济体制启动运转以来，这种政治工作做得不好和政治任务完成得不好，不再被认为是“政治觉悟不高”或“党性不纯”的表现，而是被认为是“业务能力差”或“学术水平低”的证明，从而就会受到相应的诸如不给晋升职称之类的学术打压——在科研和奖金挂钩情况下，更同时要受到诸如扣罚奖金之类的经济打压。
我们现在生活在高校的学者，无论是传授知识的教学工作，还是追求知识的学术工作，事实上都是被纳入政治范畴的，只是这种政治工作不再是像改革开放以前那样一律被称为“革命工作”，而是自从“党的政治工作的重心转移到经济建设上来”的改革开放以来一律被称为“业务工作”了。但是，无论叫“革命工作”还是叫“业务工作”，其名称不同，其指称对象都是一个：国家（政府或作为政府附庸的学校）所要求必须完成的政治工作。
也因为无论是教学工作还是学术工作都被本质地理解为政治工作，并且实际上被有关部门（包括中共宣传部、教育部及其下属党组织和行政机关和受这些组织和机关管理和领导的学校）按政治标准和行政规范来进行教学管理和学术管理，教学活动就不可能是按教学规律来进行，学术活动也不可能是按学术规律来进行，而是都只能按党组织主管部门的政治要求和政府主管部门的行政命令来进行。
教学活动不按教学规律来进行，教学便不再是真教学，学校便不再是真学校；学术活动不按学术规律来进行，学术便不再是真学术，学术机构便不再是真学术机构。于是，出现拙文《到底是“社科名家”还是“宣传思想名家”？ 》中所提到的那种情况——中共宣传部竟成了哲学社会科学领域最高等级的学术权威机构，也就不足为奇了。
改变政教合一传统，实行政教分离，这既是属于政治改革的内容，也是属于教育改革的内容，但首先是政治改革的一项内容。就其作为政治改革的内容来说，这种改革首先涉及到在坚持党的领导的前提下，运用什么方式和通过怎样的途径来实现党对教育事业和学术事业的领导的问题；其次涉及到由党所领导的政府，应运用什么方式和通过怎样的途径来实现行政部门对教育事业和学术事业的管理的问题。
笔者的改革思路是：一方面，党应通过对政府的领导来实现对教育事业和学术事业的领导；另一方面，政府对教育事业和学术事业的管理应当被纳入公共管理范畴，被当作公共管理领域中的社会性公共事务来进行管理，其管理的基本方式应是政府组织与非政府组织多元主体依法的共同参与和科学的分工合作的治理方式。
现在人们普遍自觉地意识到了治理领域“依法治国”和“依法行政”的必要性和重要性，但尚未普遍自觉地意识到治理领域“科学分工”和“科学合作”的必要性和重要性，当然更谈不上对由政府组织与非政府组织共同参与的教育管理和学术管理进行“怎样科学分工”和“怎样科学合作”。
由政府组织与非政府组织共同参与对教育和学术的科学治理，其必要前提是在教育领域和学术领域各自建立起与有关政府组织相对应的非政府组织——教育共同体组织和学术共同体组织，并使这些非政府组织取得与相关政府组织相对等的教育管理权力和学术管理权力，在此前提下，科学地确定相关政府组织和这些非政府组织各自的教育管理权限和学术管理权限和相应的管理职责与管理范围。唯其如此，才有可能在教育和学术领域实现政府组织与非政府组织多元主体依法的共同参与和科学的分工合作的善治。
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