如果你研究非编码RNA,那你需要先了解miRNA;而如果你要研究编码基因或者信号通路,那就多了解一下转录因子。据此,我们还总结了一个由circRNA、lncRNA、miRNA、转录因子、激酶/磷酸酶和(去)泛素化酶6元素组成的万金油套路(掌握了这个万金油套路,课题思路就不用愁了!),并通过案例和基金在课程里面进行了讲解(如果大家对《基金申请与课题设计》课程感兴趣,可以单击文末链接查看购买):
下面我们就来介绍一个研究转录因子的常用数据库——AnimalTFDB:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/
我们看到的是9月11号更新过的3.0版本的数据库:AnimalTFDB 3.0: a comprehensive resource for annotation and prediction of animal transcription factors.Nucleic Acids Res. 2018 Sep 11. doi: 10.1093/nar/gky822.,是华中科技大学郭安源教授团队建立并维护的:
郭安源教授
AnimalTFDB 3.0数据库收录的信息很多很全:
涵盖了97个物种、12万的转录因子、8万的转录辅因子(Cofactor)以及这些转录(辅)因子的家族、表达、通路、表型、蛋白互作等等信息。可以通过浏览家族和物种查看:
也可以直接看每个转录因子的基本信息,如功能结构域、互作网络及表达:
下面我们再看一个功能:根据某段基因序列预测结合的转录因子,这个功能我们在以前的推文里面做过介绍:(工具篇):如何查找基因的启动子及预测转录因子?
在Predict TFBS下面,我们直接输入FASTA格式的序列,然后单击提交就可以了:
在右侧我们就可以看到转录因子的名字和符合的序列。
当然,如果你想反向操作(通过转录因子预测靶基因:如何根据转录因子预测靶基因?),可以用这个数据库——hTFtarget database:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget#!/
在TF选项中输入转录因子的名字,如NFE2:
再单击红框的details就可以了:
其实hTFtarget database这个数据库也很好用,大家可以从中找到一些新的课题思路:
比如这个联系转录因子、lncRNA和SNP的条目。具体如何使用就看大家自己去探索了。
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