《肇论》以佛教般若学的思辨来解答当时玄学提出的主要理论问题，用“绝名教而超自然”的佛学理论发展了玄学，并最终取代了玄学。

魏晋南北朝时期，到郭象“名教即自然”的出现，玄学的发展已经到了它的顶峰，也到了它的极限。玄学要有新的发展，就需要寻找新的出路，吸收新的养料，佛教般若学的高度思辨正好能满足玄学发展的需要。

略早于僧肇的东晋名僧支道林的以佛解《庄》，被认为是超过了郭象的“新解”而得到当时玄学界的一致推崇和赞赏，就充分反映了这一点。《肇论》以佛教般若学的思辨来解答当时玄学提出的主要理论问题，用“绝名教而超自然”的佛学理论发展了玄学，并最终取代了玄学，对中国学术思想由魏晋玄学过渡到南北朝隋唐的佛学，起了巨大的推动作用。