lncRNA靶基因预测和功能分析

新lncRNA的查找我们一般使用rna-seq测序方法，通过分析cuffcompare中class_code为“u”的序列进行查找。我们在视频已经讲过了，如果大家希望对详细的过程进行研究，大家可以在掏宝搜索“生物信息视频”，跟我们联系。今天给大家讲下lncRNA的功能分析。
如果是已知lncRNA，我们有很多软件可以分析他们的功能，主要有以下几个软件: ChIPBase，NONCODE，starBase, LncRNADisease,DIANA-LncBase。今天我主要讲解starBase分析lncRNA的功能。我们首先进入主页：http://starbase.sysu.edu.cn/index.php。 然后我们按照图1的圆圈进行选择，选择“protein-lncRNA interaction”。


接下我们进入了图2的界面，然后再“lncRNA Gene Symbol: ”输入我们敢兴趣的lncRNA，假如我们输入“HOTAIR”。我们会得到图3的结果，这样一来，我们就找到了lncRNA可能的靶标。


找到靶标后，接下来的事情好办了，如果要知道lncRNA的功能，我们只需要拿图3的基因去做GO和KEGG分析，然后我们就可以知道lncRNA的功能了，强大吧。

    如果我们是通过转录本测序的得到的lncRNA呢？我们都没有gene symbol，怎么去做靶基因预测和功能分析呢。这样话，我们通过构建共表达网络，找出与lncRNA具有共表达关系的基因作为lncRNA的潜在靶基因。构建共表达网络我们可以使用WGCNA这个R包完成，我们在做生物信息培训的时候对这个也有重点讲解。找到潜在靶基因之后，接下来就是对靶基因进行GO和KEGG分析了，非常方便。

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