1649年秋天，清军在定南王孔有德的率领下，从湖南出发，大举进攻广西。南明军队一触即退，清军一路畅通无阻，很快杀到桂林城下。
坐镇桂林的南明重臣瞿式耜，向来对南明的嫡系军队疼爱有加；他把大顺军余部逼走，一心要依靠南明嫡系军队，给他们提供充裕的军需粮饷，指望这些军队能够抵御清兵的攻击。
结果就是：清军尚未到来，南明军队就都逃窜而去，只留下瞿式耜一个人绝望地端坐了衙门里，静静地等待清军到来杀了自己，成就自己“大明忠臣”的美名。
南明水历朝廷的重臣瞿式耜
瞿式耜，在南明历史上是一位鼎鼎大名的忠臣。此人的老师就是著名的“水太凉”钱谦益。
瞿式耜熟读经书，深受封建社会的正统教育，又是进士出身，做过县令之类的地方官。崇祯年间，他升为京官，但受到朝廷重臣的排斥，被削职罢官；于是，他就返回家乡常熟闲居了。
明朝灭亡以后，弘光政权在南京建立，瞿式耜被弘光朝廷起用，册封为广西巡抚。
瞿式耜走马上任，刚刚到了梧州，弘光朝廷就覆亡了。唐王朱聿键在军阀郑芝龙、郑鸿逵等人的拥立下，在福州建立了隆武政权。
由于封建正统思想作祟，瞿式耜认为唐王朱聿键是远门宗室，而桂王朱由榔一系则是与明神宗血脉最近的，因此，应当由桂王来继承帝位。
在此情况下，瞿式耜不愿到福建去任职，而是退居广东，静待时局的发展。
清军进攻南明
1646年8月，在清军的进攻下，隆武政权覆灭，隆武帝朱聿键死难。
得到隆武帝的死讯，瞿式耜和一部分明朝大臣们就拥立桂王朱由榔即位，建立了永历朝廷。
瞿式耜等人都把复兴大明的希望寄托在了永历帝朱由榔的身上，可是，永历帝朱由榔远不及隆武帝朱聿键的神明英武；永历帝生性懦弱，胆子太小，一味东奔西逃，以躲避清军的兵锋。
就在这样的困境当中，瞿式耜振作精神，收拢各处的南明残余军队，两次击败前来进攻桂林的小股清军，暂时稳定了桂林周边的局势。
1648年，金声桓、李成栋相继起兵反清，天下形势一度对南明永历朝廷非常有利。
南明军队出击清军
但是，明末党争剧烈的悲剧又在永历朝廷继续上演了。
明末的官僚士大夫往往结党营私，争权夺利，置国家利益于不顾，多次给民族带来重大灾难。到了永历朝廷的时期，大臣们已经完全疯狂了，他们展开了激烈地争夺朝廷权力的内部倾轧。
瞿式耜不可避免地卷进了永历朝廷的内部权力之争。由于李成栋举广东全省反正归明，可以说是功劳巨大；再加上李成栋兵力雄厚，自然就被永历朝廷倚若长城。于是，李成栋很快成为永历朝廷的顶梁柱，在朝堂上说一不二。自然，李成栋也与瞿式耜等人成了冤家，双方互相结党成派，在朝廷内部展开了激烈的权力斗争。
就这样，永历朝廷的复兴机会在内耗中逐渐失去了。随着金声桓、李成栋的相继死亡，永历朝廷又到了危机四伏的地步。
而瞿式耜基于封建正统思想，一直对逼死君父的农民军极端歧视。在大顺军余部加入南明抗清的行列以后，李过、高一功、郝永忠等大顺军旧部，依然被瞿式耜继续视为“流贼”，备受排挤打压。
当郝永忠等部开进广西，前来保护永历帝，打击清军的时候，瞿式耜不仅不给人家提供粮饷，还唆使南明嫡系军队与之发生摩擦。当大顺军旧部在极端困难中，不得不就地打粮时，瞿式耜立刻组织官员上疏弹劾，污蔑大顺军旧部“贼性不改，滋扰地方”。
在瞿式耜的排斥之下，郝永忠等部在广西立不住脚跟，只得离开广西，前往夔东地区，从此脱离了抗清的主战场。
大顺军余部在南明倍受排挤
1649年夏秋之交，满清定南王孔有德率清军进入湖南，驻扎在衡阳，伺机进攻广西。
孔有德在度过炎暑之后，于秋天进攻湖南、广西两省交境的要隘龙虎关。南明军队进行阻击，可惜一战即败，明军战死的人就达到了一万多。
清军占领龙虎关之后，兵分三路，继续发动猛攻，很快大败明军，接连攻取了广西灌阳和恭城。各路明军纷纷溃退，躲入了深山之中。
恭城的失守，使桂林东南面受到了清军的直接威胁。同时，另一路清军由全州、兴安进攻严关，对桂林形成了南北合击之势。
清军进攻广西
此时，永历帝早已逃之夭夭，瞿式耜以大学士的身份留守桂林；眼看形势危急，瞿式耜召开军事会议，把将领们召集在一起，商议如何保卫桂林。
因为瞿式耜平日很注意整军备武，所以，当时驻扎在桂林地区的明军数量还相当多，共有明军赵印选、胡一青、杨国栋、王永祚、蒲缨、马养麟等部兵马数万之众。
有过两次防守桂林的作战经验，瞿式耜自认凭借手头掌握的兵力，即使不能打败孔有德的清军，至少也可以守住桂林。因此，瞿式耜竭力筹措粮饷，鼓励诸将整军备战，准备在桂林城下与清军决一死战。
谁知道，大敌当前，明军的将领们，平日里一个个养尊处优，趾高气扬，此时却已成惊弓之鸟，个个畏敌如虎，毫无斗志。他们都在心里做好了逃跑的思想准备。
11月5日，军报传来，清军即将迫近桂林。瞿式耜闻讯，急忙催促大将赵印选领兵扼险防守。
守卫桂林的明军将领无心作战
赵印选见清军势大，畏缩不前。这天下午他和胡一青、王永祚、蒲缨、杨国栋、马养麟等将领一起，带领部众保护着家属离开桂林向西逃窜，桂林城中顿时大乱。许多官员富户都被乱兵所杀。
瞿式耜听说明军诸将不战先逃，想着平日里自己对他们的恩遇厚养，不觉捶胸顿足道：
“朝廷以高爵饵此辈，百姓以膏血养此辈，今遂作如此散场乎？”
心中充满了绝望之情的瞿式耜，决定自己留下来，与桂林共存亡。
于是，瞿式耜派自己的中军徐高携带朝廷颁给的敕印，逃出桂林，送给永历帝。
傍晚时分，瞿式耜的学生、总督广西军务的张同敞，听说桂林兵将星散，只有瞿式耜仍留在城内，就从漓江东岸泅水入城，要和瞿式耜一道尽忠殉死。
瞿式耜对张同敞说：“城存与存，城亡与亡。我今天是死得其所了！你又不是留守桂林的臣子，不必跟着我去死，为何不离开这里呢？”
张同敞毅然回答：“要死就一起死。您为何不让我和你一起青史留名呢？”
决心一下，瞿式耜和张同敞两个人在一盏孤灯下正襟危坐；夜里下起了小雨，远远望去，城外火光烛天，城内去寂无声响。
天亮以后，清兵并不血刃，占领了桂林。
清兵冲入瞿式耜的衙门，抓住了瞿式耜、张同敞，押送到定南王孔有德的面前。
清朝定南王孔有德
孔有德仰慕瞿式耜的大名，很想招他投降。
但是，不管孔有德是婉言相劝，还是威加逼迫，瞿式耜和张同敞二人始终坚贞不屈，只求速死。孔有德无计可施，把他们软禁于桂林。
在监禁生活中，瞿、张二人赋诗唱和，以诗词明志；这段时间里，他俩总攻作诗词一百多首，合在一起，名曰《浩气吟》。其中有一篇瞿式耜所起的诗句：
莫笑老夫轻一死，汗青留取姓名香。
张同敞对的是：
衣冠不改生前制，名姓空留死后诗。
过了一个月，瞿式耜写了一封密信委托一名老兵送给南明大将焦琏，邀约焦涟出兵进攻桂林。
这个老兵在出城的时候，密信却被守城的清兵搜获出来了。
这件事发生以后，孔有德耽心留着瞿式耜，恐怕会有后患，就下令将二人处斩。就这样，瞿式耜和张同敞一起，被清军斩杀于桂林风洞山仙鹤岭下。
瞿式耜和张同敞共赴刑场
瞿式耜之所以在能够逃离险境的时候，却坚持要留下来与桂林共存亡，其原因是很复杂的。
首先，南明从弘光朝廷开始，一败再败；屡败之下，瞿式耜对复兴大明王朝已经失去了信心，自感抗清大业已经是前途无望；
其次，瞿式耜一贯排斥积极抗清的农民军余部，而对南明嫡系军队却情有独钟；可是，他一贯恩养的南明军队却在危急关头，毫不留情地抛弃了他，根本不顾及他的生死。这让瞿式耜伤透了心。同时，瞿式耜也认为即使自己逃出去，在重整旗鼓的话，依靠这些遇敌即逃的南明军队，最终还是难逃失败的命运。
与其那样，还不如自己现在就在桂林死难，博得个青史留名算了。
最后，瞿式耜认识到：永历朝廷要想生存，必须投靠孙可望的大西军。南明自身的军队不堪一战，以后的战事只能指望“流贼”出身的大顺军和大西军了。
这是瞿式耜死也不愿看到的。他还极力反对过孙可望请封秦王这件事，自己也认为绝不会见容于孙可望的。
因此，固守着传统儒家那取义成仁的精神，瞿式耜毅然决然地选择死在清军的刑场上，换得个忠臣义士的千古美名。
后人纪念瞿式耜
客观地说，在南明史上广受赞誉的重臣当中，瞿式耜虽然比不上堵胤锡、张煌言，可他的才干绝对远远超过了史可法和何腾蛟。
瞿式耜在广西两次击败清军对桂林的进攻，取得了不少胜利；而史可法在扬州城中可谓是方寸大乱，军事部署毫无章法；何腾蛟更是昏庸无能，断送了抗清的大好战机。
所以说，在广受赞誉的南明忠臣中，瞿式耜的才干还是名列前茅的。
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