想不到吧？OpenBUGS 除了做统计还能这样用......

 

需要准备的材料

1. 需要绘制的目标地区地图，一般从中国地理信息系统网站上可以下载到（.shp）格式的中国及各省份的地图。

2. 数据，需要目标地区各个行政区域上某种疾病的发病率或患病率，并能计算出疾病的期望发病或者期望死亡数据。

3. 需要在电脑客户端安装 OpenBUGS3.2.3 软件。

 

 

具体操作步骤

以西北五省（新疆、甘肃、青海、宁夏和陕西）某年腹泻患病率数据为例

1. 生成 GeoBUGS 格式的地图：目前分析用的地图普遍采用。shp 格式，而 GeoBUGS 只能识别自带的地图，因此将 .shp 格式的地图需要进行适当的转化才能应用到 GeoBUGS 中。可以通过 ArcInfo 或 R 软件来实现（具体方法可以在网上找到资源）。

如下图已经生成了 GeoBUGS 能够识别的 China. 西北五省地图如下图。

2. 生成空间邻接矩阵：在 OpenBUGS 窗口界面，点击「Map->Adjacency Tool」启动 Adjacency Tool 对话框，先在 map 标签中选择 China. 西北五省地图，点击 adj map 按钮以激活 adj matrix 按钮和 show region 按钮，然后点击 adj matrix 按钮生成邻接矩阵（注意生成的矩阵在第 3 步的数据加载中将会用到），如下图。

3. 进行模型指定，数据加载，迭代：具体过程参见（手把手教你用 OpenBUGS 做统计）该实例的模型如下：

4. 生成疾病地图：打开 Map Tool 对话框，如下图所示：

① 在 Map 标签的下拉菜单中选择中国地图；

② 在 Variable 标签的空白框中输入腹泻疾病患病相对危险度 RR（在第 3 步中通过 Gibbs 抽样获得）；

③ 根据 Variable 中变量的类型，在 Quantity 下拉菜单中选择相应的值。如果变量是 data 类型（例如 SMR、期望值 E 或者协变量），则选择 Value；如果变量是 stochastic quantity 类型（如相对危险度 RR），我们可以选择 Quanntity 菜单中的任意一个；

5. 设置分割点：目的是将患病不同风险的地区用不同的颜色区分开。在  GeoBUGS 中有两种地图分割点，分别为绝对值分割点（abs value）和百分位数分割点（percentile），GeoBUGS 也允许用户自定义切割点的值。本例中笔者自定义分割点，按照腹泻在各个省份的患病相对危险度。值得注意的是，设置的切割点不同，显示的地图也不同。

6. 设置颜色：在 Palette 下拉菜单来编辑地图的颜色，也可以单击地图上注释的小方块来改变颜色。

7. 点击 plot 按钮去生成地图。如下图所示：

8. 如果改变了地图的颜色、切割点等 （比如我们改变切割点的值，则绘制的地图如下），我们可以通过 set cuts 按钮去更新目前选择的地图，也可以通过 plot 按钮去生成一个新的地图。

9. 地图的输出和保存：通过 GeoBUGS 工具生成的疾病地图，通过「File<-save as」将其保存为="" openbugs能直接调用的="" .odc="" 格式，="">

至此，一个完整的基于贝叶斯分析工具 OpenBUGS 在疾病制图方面的应用介绍完毕。

接下来跟大家分享一个小福利：