一键分析芯片信号通路的神器

想必大家用GEO2R分析出来那种简单的差异基因，然后会进行一下GO和Pathway分析。

但实际上，有种简单的分析方法，可以简单地把GSE数据直接来进行分析信号通路的。这就是这个神器Graphite Web，这是一款可以对芯片或者二代测序数据直接进行信号通路分析的Online工具。

而且分析方法比较多样，不仅仅局限在DAVID的ORA分析（就是普通的GO分析和Pathway分析），而是GSEA分析以及SPIA分析等等：

好吧，只是算法不太一样，比如这个CliPPER分析，就是利用什么图形高斯模型来比较相关结构…………好吧，我数学没学好。

输入的格式基本上是这样的：

第一列是基因的ID，第一行是样本名称，最好是已经分好组的。然后就确认就行了，结果直接显示的就是这样有差异的信号通路了：

当然，你直接点进去，就会发现每个信号通路，都以Network的形式来显示：

当然，如果你下载的GEO数据太大，就会导致：

是的，没法分析，当然也不知道多大才算大。所以还有一种选择，就是分析差异基因，首先通过GSE中的GEO2R分析得到结果：

然后分成两个excel，第一个是红框中的差异基因以及差异基因的LogFC值，第二个是蓝框中的所有基因列表，都拍成一列，然后输入进去：

然后就能得到结果了，但是要注意的是，要输入的表格格式都是tsv格式哦！

华丽丽的分割线

李莫愁博士：用这个东西是挺方便的，一键就能获得差异信号通路的结果。但对于输入的信息要求还是挺高的，这就是这个神器不方便的关键。大家要是有兴趣的话，可以自己去试试看吧。好了，今天就先策到这里吧，回复“裂害裂害”就给你网址。（不知道怎么回复就点这里）