（工具篇）S5E48：神器之——microRNA表达一站式查询！

大家好，今天我们介绍的神器是一个microRNA表达的数据库：YM500v2

YM500 is an integrated database for miRNA quantification, isomiR identification, arm switching discovery and novel miRNA prediction from small RNA sequencing (smRNA-seq). In this update of YM500, we focus on the cancer miRNAome to make the database more disease-orientated. There are more than 8,000 cancer-related smRNA-seq datasets (including those of primary tumours, paired normal tissues, PBMC, and metastatic tissues) incorporated into YM500v2.

网址：http://ngs.ym.edu.tw/ym500v2/index.php，网站的主页：

我们看到这个网站有六大功能：

下面我们分别看这几大功能：

一、已知microRNA表达检索

单个microRNA的结果最简单：

多个microRNA查的时候需要选择样本类型：

可以看到样本的数据来源是TCGA数据库的RNA测序数据：

出现的热图如下，也可以下载：

根据microRNA簇进行查询，比如最为熟悉的microRNA 17-92cluster：

当我们看到文献报导某一染色体某一区域的缺失或者扩增与疾病发病相关，而我们想从microRNA这一角度看与疾病的关系的时候，比如（文章篇）S5E23: 研究microRNA发Nature的策略及延伸），就可以根据基因组位置查询：

二、预测新microRNA

预测是通过 miRDeep2，Mireap和miRanalyzer三个软件进行预测的，只要有一个预测到，就会显示出来：

三、microRNA异构体和RNA编辑

分析的结果:

可以打开每条异构体看表达结果：

四、5’和3’ microRNA搜索和表达

五和六、样本间microRNA表达比较

首先选择需要分析的组织和样本

提交任务，输入邮箱后提交任务，任务完成后会通过邮件的形式告知已经完成：

打开链接:

大家可以直接打开查看：http://ngs.ym.edu.tw/ym500v2/upload/682749718/data/result_682749718.html，注意：数据只保存7天。

That’s all. Thank you!

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