有时发篇SCI文章比你想象的要简单得多,尤其是有些生信分析类的文章,例如这篇
文章:LncCeRBase-adatabase of experimentally validated human competing endogenous long non-codingRNAs
单位:浙江大学昆虫科学研究所
期刊:Database(OxFord)
分值:3.8分
文章类型:生信数据挖掘;可查询A疾病相关文章中ceRNA机制,并且可获得该文章的检索信息。、
数据库地址:http://lnccerbase.it1004.com
惊呆了?这个年代,ceRNA查询的网站居然也能发个4分的文章?ceRNA的预测数据库基本已经烂大街了
ceRNA机制揭示了一种RNA间相互作用的调控模式。ceRNA是一类具有miRNA结合位点,能够竞争性结合miRNA抑制其对靶基因调控的RNA。之前我们介绍过mRNA、lncRNA、circRNA以及假基因均可以作为ceRNA通过MREs来结合miRNA从而调控下游靶基因的表达。
不过说到ceRNA,能查询的网站不要太多哦
先回顾一些ceRNA相关的数据库,circRNA、lncRNA的
数据库名称 | 网址 | 介绍 |
CircNet | http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/ | ceRNA调控网络 |
CircInteractome | https://circinteractome.nia.nih.gov/ | circRNA的ceRNA预测,引物的设计以及用于沉默circRNA的siRNA设计 |
lncRNA2Target | http://www.lncrna2target.org/ | lncRNA的靶基因、miRNA预测 |
TF2LncRNA | http://mlg.hit.edu.cn/tf2lncrna/ | lncRNA的转录因子预测 |
LNCipedia | http://www.lncipedia.org/ | lncRNA功能注释、ceRNA预测 |
Linc2GO | http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/~liuke/Linc2GO | |
DIANA-LncBase | http://www.microrna.gr/ LncBase / | 经验证的miRNA靶基因 |
miRTarBase | http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/ | |
miRCode | http://www.mircode.org/ | miRNA靶点:mRNA、lncRNA |
starBase | http://starbase.sysu.edu.cn/ | miRNA:mRNA,miRNA:lncRNA,miRNA:ceRNA |
miRWalk | http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/ | miRNA大全以及靶点基因 |
咱们来看看这个数据库有哪些地方比较好用的功能,
http://lnccerbase.it1004.com
大家都知道很多lncRNA、circRNA的预测网站都是基于碱基算法这些配对关系,往往没有得到实际实验的验证,而LncCeRBase就是集合了实验论证过了的lncRNA,circRNA,这给我们提供了非常强的参考性。
先看下界面,综合了miRNA、lncRNA(circRNA)、mRNA以及疾病类型,查询ceRNA机制,例如ANRIL这条lncRNA
可以查询到miRNA、基因名、文章名称、摘要、信号通路、疾病、期刊、Pubmed ID
简直就是一键查询的神器,再也不用pubmed查ceRNA的文章了
以此类推H19的信息
咱们再来根据疾病的类型来检索一下,例如:Bladder Cancer
好了,到这里大家也都看到了,这个网站还真是比较方便查询别人做过哪些实验,不用吭哧吭哧地去费劲去pubmed搜索那么多文章来看了,一键获取的能力很强,如果还不觉得不够过瘾,我们提供集合了pubmed中所有的ceRNA文章信息汇总,下载链接如下:
百度网盘:pan.baidu.com/s/1u8Vi8fLX33t6rsG-4pRh1A
密码: ausb
在这个表格里可以根据:LncRNA、MiRNA、Gene、Gene Name (All)、Pathway Name、Disease/Tissue 、Description、PubMed ID、Year、Journal Title进行分类查询,不说了,赶快去下载吧。
so今天这篇文章大家觉得有什么难度吗?其实并没有,过程:
Pubmed搜索文章→数据挖掘ceRNA的网络→对数据进行整理,做成一个excel表格→建个网站进行展示和检索→4分文章
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