研究转录因子，这个数据库很好用！

小张常说：如果你研究非编码RNA，那你需要先了解miRNA；而如果你要研究编码基因或者信号通路，那就多了解一下转录因子。据此，我们还总结了一个由circRNA、lncRNA、miRNA、转录因子、激酶/磷酸酶和（去）泛素化酶6元素组成的万金油套路（掌握了这个万金油套路，课题思路就不用愁了！），并通过案例和基金在课程里面进行了讲解（如果大家对《基金申请与课题设计》课程感兴趣，可以单击文末链接查看购买）：

下面我们就来介绍一个研究转录因子的常用数据库——AnimalTFDB：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/

我们看到的是9月11号更新过的3.0版本的数据库：AnimalTFDB 3.0: a comprehensive resource for annotation and prediction of animal transcription factors.Nucleic Acids Res. 2018 Sep 11. doi: 10.1093/nar/gky822.，是华中科技大学郭安源教授团队建立并维护的：

郭安源教授

AnimalTFDB 3.0数据库收录的信息很多很全：

涵盖了97个物种、12万的转录因子、8万的转录辅因子（Cofactor）以及这些转录（辅）因子的家族、表达、通路、表型、蛋白互作等等信息。可以通过浏览家族和物种查看：

也可以直接看每个转录因子的基本信息，如功能结构域、互作网络及表达：

下面我们再看一个功能：根据某段基因序列预测结合的转录因子，这个功能我们在以前的推文里面做过介绍：（工具篇）：如何查找基因的启动子及预测转录因子？

在Predict TFBS下面，我们直接输入FASTA格式的序列，然后单击提交就可以了：

在右侧我们就可以看到转录因子的名字和符合的序列。

当然，如果你想反向操作（通过转录因子预测靶基因：如何根据转录因子预测靶基因？），可以用这个数据库——hTFtarget database：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget#!/

在TF选项中输入转录因子的名字，如NFE2：

再单击红框的details就可以了：

其实hTFtarget database这个数据库也很好用，大家可以从中找到一些新的课题思路：

比如这个联系转录因子、lncRNA和SNP的条目。具体如何使用就看大家自己去探索了。