准噶尔对清朝来说，确实是个麻烦的制造者康熙曾经三次带兵亲征过他们，晚年又因西藏问题两度兴兵，但是准噶尔仍未降服，更未能被消灭。而在雍正即位之初，他们又接纳了叛清的青海首领罗卜藏丹津，拒绝清廷的索讨，度强硬地与清廷对抗。雍正因为国内事务繁多，而且国家的财力也不充裕，不想用兵，所以在雍正元年至二年之间，遂善待准噶尔的来使，并派大臣与他们和，希望能和平解决双方的纷争与不快。不过，并未谈出结果。随着皇帝皇权的加强以及财政税务改革的成，雍正的统治地位也稳定了，征伐准噶尔的计划也排上了议程。在皇帝的心目中，准噶尔是“国家隐忧，社稷生民忧戚系焉”，他觉得这问题最终要解决，预计在雍正七年（1729）前后“整大军勒取，相机声罪致讨，必灭此而后朝食”。
正好雍正七年时准噶尔的首领策妄阿拉布坦死了，他的儿子噶尔丹策零继承为领袖，这位新领袖在内外政策上仍遵循他父亲的老路线，对内发展农业生产，对清朝与喀尔喀部也不放弃扩张的意图后，雍正皇帝认为策妄阿拉布坦之死是一个良机，趁新首领上台政局不稳时发动攻击是上策再说在过去两年间，清廷已做了不少准备工作，例如已经在河南、山东、山西等地暗中训练了一批军队，购买养育了一批骆驼骡马，准备了一切军装器械，还特别定制了数以千万计的战车，又培训了够用的驾车手与作战士兵，雍正认为一切就绪，又加上策妄阿拉布坦死亡的难逢机缘，他决心动武。同年三月，皇帝下令发兵征讨，以领侍卫内大臣傅尔丹为靖边大将军屯兵阿尔泰山为北路军；以川陕总督岳钟琪为宁远大将军，出西路，为西路军。六月，皇帝告祭太庙，说明征讨噶尔丹策零的原因，认为“不迅行扑灭，将来必为蒙古之巨害，贻中国之隐忧”。
清廷如此大张旗鼓地出兵，消息传到准噶尔，噶尔丹策零相当惊恐，立即派专使特磊见岳钟琪，声称本欲将罗卜藏丹津解送清廷，但清兵既已踏上征途，怕路上有变故，乃暂行中止。如果清廷能宽赦他们以前的过错，他们仍愿意解押罗卜藏丹津到京，也愿意听从皇帝的命令，臣服清廷。岳钟琪认为有诈，但也向雍正做了报告。雍正随即下令将特磊送到北京，暂缓进兵，并召傅尔丹与岳钟琪也来京师，共商军情战略。后来雍正降谕命准噶尔“受封、定界、遣回逃人，当宽宥其罪，进兵之期，暂缓一年”。
可是噶尔丹策零使用的是缓兵之计，结果就在岳钟琪赴京期间，出兵两万突袭西路大军，清军损失惨重，牲畜被劫掠约十几万头，而岳钟琪的部下竟谎报军情，以大捷上奏，雍正还给予嘉奖，真是上下乱了章法，也是严厉君主雍正统治时期少见的笑话。岳钟琪后来回到军前，设法弥补，而事实也逐渐被雍正探知为了不影响战争大局，雍正乃偷偷派人监视岳钟琪并削弱岳钟琪统兵大权，甚至对他予以挟制，从此岳钟琪已不再是雍正的宠臣了。雍正九年（1731）四月，傅尔丹所统领的北路大军进驻在科布多时，准噶尔的噶尔丹策零又故技重施，派人到傅尔丹军前谎称:准噶尔大军正两面受敌，一是哈萨克人的攻击，一是罗卜藏丹津族人的攻击，因而不能发动大军来对抗清军。目前只在离傅尔丹军营“止三日程”的察罕哈达驻兵一千人等。
傅尔丹是满族的武夫，“勇而寡谋”，对敌人的假情报不加核实，贸然下令派兵四千轻装前进，虽然有副将提出谏言，但傅尔丹一意孤行，想争得战功，进行袭击。当清军进入准噶尔军的包围圈内，在山谷中的两多蒙古军立即向清军发动猛攻，顿时“笳声远作毯裘四台，如黑云蔽日”，清军就在这块名为和通泊的地方成了瓮中之鳖，被紧紧包夹其中。傅尔丹又派出六千军队往援，但清军前锋已被击溃，准噶尔军乘胜“直犯大营”，结果只有部分满洲兵护卫辎重，且战且走，逃回了科布多。这次和通泊之战，清军损失惨重，“副将军巴赛、查纳弼以下皆战死”，死伤兵员两万多人。战事失败的主因是傅尔丹的骄狂轻敌与刚愎自用。有趣的是，雍正后来知道兵败，但并未追究责任、严办失职将领，反而赐给傅尔丹一条他自己御用过的腰带，像似奖励他的“战功”。其后雍正又任命郡王锡保与大学士马尔赛参与西疆军务，事实上锡保是以“逢迎为能”的亲贵，马尔赛则是“庸劣怯战”的文臣，皇帝让他们出马，可算是所用非人了准噶尔尝得胜利成果后，进一步扩大发展的野心。
他们知道清军不能强攻，所以派出部分军队“环峙乌鲁木齐”，以防清军的西路军，又屯田于鄂尔齐斯河，以窥清军北路”。他们定下了这两路牵制清军的策略之后，却发动大军两六千人进犯北邻的喀尔喀。喀尔喀亲王丹津多尔济与额驸策凌誓死抵抗，特别是策凌是喀尔喀的和硕亲王，子女被掠，乃割发及所乘马尾誓天，决心与准噶尔决一死战，他率军深入敌后，突袭准噶尔军，大败准噶尔部于鄂尔浑河畔的“额尔德尼昭”（光显寺）。据说光显寺一带“左阻山，右限大水”，准噶尔军无路可逃，喀尔喀军乘胜歼敌，击杀一万多人，“尸满山谷，河水数十里皆赤”。另外在光显寺大战发生前不久，准噶尔部军队也自乌鲁木齐进扰哈密，岳钟琪派曹勃迎战，虽然打败了敌军，但未能阻截。
朝廷中大臣如鄂尔泰等出面参奏岳钟琪拥兵数万，纵敌逃去，有失职之处，雍正遂下令将岳钟琪召回京城，指责他“赏罚不公，号令不一，不恤士卒，不纳善言，傲慢不恭，刚愎自用”，于是削掉他的公爵，改令查郎署理宁远大将军印信，并令鄂尔泰督巡陕甘，经略军务，从此西路军军权由汉人又转移到满人手中。雍正十年（1732）的西疆战争，光显寺大捷，皇帝以为应该奖赏，于是晋封额驸策凌为超勇亲王，赐黄带，并且让他“佩定边左副将军印，屯科布多，授盟长便宜行事”。但是岳钟琪一军则因无功而受到惩处，参赞军务的纪成斌与将军曹勃都在军前正法，岳钟琪则被囚禁大狱。雍正十二年（1734）大学士会议请皇帝将他处死，但未执行。第二年雍正驾崩，岳钟琪在乾隆登基后第二年被释放出狱，还在征金川之役复起为四川提督，算是命大的人了。准噶尔部经过几年作战，特别是光显寺一役大败后，元气大伤，无法继续战争，乃转向与清廷议和。清朝方面也因连年于西、北两面用兵，人力物力消耗严重，国库有空虚之感，大臣中也有请求迅速撤兵，“舒天下之力”“养天下之命”，皇帝于是在雍正十一年（1733）五月宣布暂停进兵。
后来又召集前线将领与京中大臣开联席会议，研商对准噶尔部的和战问题，会中有人主张继续征讨，如额驸策凌、庄亲王允禄等，认为准噶尔部应予彻底征服。但是也有希望停止战争，尽快谈和的，如张廷玉、傅鼐等人，觉得师老无功，不宜久战。准噶尔部既有心归顺，即宜招抚。皇帝最后采用了主和派的意见，于雍正十二年（1734）七月决意议和。不过双方后来为牧地界线问题仍争执不下，到雍正十三年（1735）皇帝归天时都未能解决。乾隆四年（1739）才议定以阿尔泰山为准噶尔与喀尔喀的放牧界地，双方才签订和议，清廷与准噶尔部维持了此后将近二十年的和平。雍正对准噶尔部的用兵相当失败，虽然皇帝说:“朕之筹划于事先者虽未有爽，而臣工之失机于临事者不一而足，亦皆朕无能不明之咎。”显然他把战争失败责任归咎于将帅，也反省到了他自己的用人不当。但是他因自己即位时的政局紊乱情形而联想准噶尔部首领死亡后也必有同样争权斗争等情势，认为是良机，而决意兴兵，是不是太主观了一些，真是“筹划于事先者未有爽”吗？
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