这样的甲基化数据可视化分析，可能你还不知道喔~

DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰，目前针对于DNA甲基化的研究主要体现在基因组的局部区域上，而针对全基因组的分析则无法直观表现。如果想更加直观的分析出同一位点不同修饰信号的DNA甲基化数据间的差别，那我们应该怎么做呢？

那今天，我们就给大家介绍一个软件——WashUEpigenomeBrowser，希望能帮到大家解决这个问题~

WashU EpigenomeBrowser是由圣路易斯华盛顿大学医学院的王艇教授小组创建维护。和其他表观基因组浏览器相比，其在浏览表观遗传修饰数据中表现的更加专业；同时还可以加载ENCDOE、RoadMap和用户自定义文件，实现数据的快速浏览比对。

网址：http://wang.wustl.edu/

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那下边，我们就直接来说说如何将疾病甲基化数据可视化分析吧~

软件数据加载

Humanhg19是数据量最大的基因组，我们就以此作为参考基因组来引入人类表观基因组数据，生成一系列可用的表观修饰数据并选择加载2737个不同类型的轨道。在系统中，默认加载了模式细胞系IMR90（人胚肺成纤维细胞）的数据。

正常与疾病数据对比

我们以肺癌为例进行查找。

在Tracks中输入“lung”，进行搜索。添加肺癌的甲基化测序数据，与原IMR90的甲基化数据进行比对。

正常甲基化与肺癌甲基化的数据信号比较（P=0.0354）

在WashU中每个数据信号都会通过数据波峰展示，上图中灰色代表了该区域CpG的丰度，蓝色代表甲基化CpG丰度。这样，一个基本的数据可视化过程就展现出来。

我们可以看出肺癌数据的蓝色波峰普遍高于正常的甲基化程度。对该区域中15个特定位点的甲基化水平进行分析，采用单侧检验方法得出P值为0.0354。可得出结论，肺癌甲基化数据的CpG丰度偏高。

不同修饰信号的数据比较

下边，我们挑选了3种和肺癌有关的不同轨道类型： H3K4me1 of lung fetal day 85F、H3K9me3 of lung fetal day 85F和H3K27me3oflung fetal day 82F。

首先，将3种修饰信号分别与正常人体信号进行比对。

同一位点不同类型轨道数据波峰比较

虚线部分表示同一位点上不同修饰信号的强度，从上往下信号强度依次为16.9289、2.62284、0.239121、0、0.236382、2.82699。由此，可以看出他们的信号强度差别很大。

再将这三种轨道类型放在一起进行比对。

肺癌的三种不同修饰信号强度对比

三种信号峰波由上往下的峰值依次为47.92、11.72、99.60。由此可见，在该区域中肺癌甲基化修饰数据H3K27me3显示出高强度的数据信号。

DNA甲基化测序方面是一个大的趋势，越来越多的测序技术推动了DNA甲基化数据分析的发展。而可视化的分析DNA甲基化数据为研究人员提高了效率，节省了大量时间。

通过今天的介绍，希望大家也能学习到相关的技术喔~当然，我们赛哲生物也有提供相关的甲基化服务，欢迎前来咨询联系~