打开APP
userphoto
未登录

开通VIP,畅享免费电子书等14项超值服

开通VIP
批量挖掘TCGA让发文速度更加快

目前,肿瘤数据挖掘非常火爆,作为一个肿瘤内科医生,特别是研究pan-caner的医生,想不想批量生产SCI?想的话可以考虑下面这这种方法。



我们已经下载好并且整理好了23种癌症的mRNA数据,和相关的教程,等着大家去挖掘。如果自己下载这些数据,可能很多人的电脑都跑不动,整理好这些数据,起码要一个月时间。现在你就可以立刻拥有他们,让别人输在起跑线上。



有很多人下载好了TCGA数据,然后要进行提取,进行ID转换,但是遇到样本量比较大的时候,电脑跑了一个月,还是没有结果,怎么办呢?这就是你的电脑配置不够,所以跑不出来。也许下面的办法可以帮到你。


应几位粉丝的邀请,我们录制了一套TCGA联合Oncomine数据挖掘课程,这次课程完全是采纳学员的建议,我们以往都是教大家怎么样下载数据的,然后很多学员说,总是出现数据下载了一般就断线了,或者电脑跑不动,有些下载好了,却发现没有正常样本,无法做cancer vs normal的差异分析。为了解决这些问题,我们是直接下载好了所能下载癌症的mRNA数据,过滤掉所有没有normal、没有生存数据、样本量非常小的癌症,最终剩下23种癌症,如下:


1、胆癌                                                            

2、多形性胶质母细胞瘤

3、肺鳞状细胞癌

4、肺腺癌

5、肝癌

6、宫颈鳞状细胞癌

7、甲状腺癌

8、结肠癌

9、膀胱癌

10、皮肤癌

11、前列腺癌

12、乳头状肾细胞癌

13、乳腺癌

14、软组织癌

15、肾上腺癌

16、肾透明细胞癌

17、肾嫌色细胞癌

18、头颈部鳞癌

19、胃癌

20、胸腺癌

21、胰腺癌

22、直肠癌

23、子宫内膜癌


数据截图如下:


数据都是整理好的表达矩阵,normal和cancer样本都是排序好的,数据格式为HTSeq-Counts,采用edgeR包进行差异分析






课程适合人群:


1、肿瘤方向的临床医生

2、肿瘤方向的医学生

3、肿瘤方向的研究员



能否开发票:NO



课程大纲:


1_课程介绍

2_TCGA数据获取

3_差异表达分析(一)

4_差异表达分析(二)

5_GO富集分析

6_KEGG富集分析

7_蛋白互作网络分析(一)

8_蛋白互作网络分析(二)

9_筛选hub基因

10_Oncomine数据库的注册

11_Oncomine数据分析(一)

12_Oncomine数据分析(二)

13_Oncomine数据分析(三)

14_生存分析


课程特色:


1、操作性强,不讲理论

2、大大节省学员的学习时间

3、课程简单明了

4、赠送所有数据和代码


课程能够画的图:



学完这一门课程能学到什么?


1、利用edgeR包做差异分析

2、绘制热图和火山图

3、GO富集分析及可视化

4、KEGG富集分析及可视化

5、蛋白互作网络分析及筛选hub基因

6、Oncomine数据库的常用操作

7、绘制生存曲线

本站仅提供存储服务,所有内容均由用户发布,如发现有害或侵权内容,请点击举报
打开APP,阅读全文并永久保存 查看更多类似文章
猜你喜欢
类似文章
乳腺癌零代码单基因干湿结合发3分
牛呀,一个星期就写出了一篇SCI
TCGA单基因免疫相关泛癌分析
4+分干湿结合模板:简单分析简单实验
Nature子刊| 22种肿瘤作为原发性肿瘤模型的综合转录组学分析
55天接收的准6分纯生信,想发文章并不难
更多类似文章 >>
生活服务
热点新闻
分享 收藏 导长图 关注 下载文章
绑定账号成功
后续可登录账号畅享VIP特权!
如果VIP功能使用有故障,
可点击这里联系客服!

联系客服