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生信分析Linux基础和R绘图——玩转公司反馈的测序报告和数据表!
开了多期 转录组、扩增子和宏基因组等 (后台回复 转录组 获取视频连接)实战培训,发现绝大部分实验室手中都有测序公司返回的数据分析报告,并且有一些分析是基于这些报告,但部分情况是拿到报告,老师们不知道如何利用公司测序报告中的数据表做后续个性化分析。
出现这一困境的原因只有一个:时间不够用。
为了加速大家的分析进程,我们这次推出生信分析Linux基础和R绘图课,包含常见组学技术的原理、应用和概念,R语言基础绘图,Windows下使用Linux命令快速提取数据和准备绘图所需的文件,常见组学图形的解读和绘制等,希望能促进快速分析手上的数据,把数据表格转变为发表级的分析图。
比起之前的生信实战课,本次课程内容将不涉及高通量数据标准分析流程,但是报名后会赠送往期实战分析网课一门(测试数据和代码可下载)。
本期课程是贴近定制分析的一门技能课,我们将带你体验在终端运行代码来处理数据矩阵的快感,再也不用担心你的Excel因庞大的数据而断片,助你成为实验室高效率的人,在别人重启电脑的时间完成数据转换和出图!
课程设计内容主要如下
每节课1小时一个主题,理论结合实战,学懂原理,实战实操,全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排,如11代表第一天第一节课,26代表第二天第六节课,(实际上课会有调整,理论和实战穿插调和)41为两周后的线上集中视频答疑。
编号主题简介
11生物信息是什么能解决哪些问题,有哪些应用
12高通量技术概述高通量测序应用的种类、概念、原理和用途介绍,二代三代测序的优缺点
13组学和生物调控案例解析
14KEGG/Reactome/GO通路图表达属性可视化Cytoscape,模式和非模式生物
15GSEA富集分析GSEA本地富集分析工具使用
16常见数据库使用介绍多组学分析
17绘制miRNA、基因、转录因子调控网络,菌群共存公共数据库获取数据转换格式,文献挖掘
21R语言基础知识数据读取转换
22R语言绘制常见图形线图、柱状图、韦恩图
23R语言绘制常见图形箱线图、火山图、富集分析泡泡图
24PCA富集分析数据准备、代码解析和结果解读
25分组、时间序列和数量性状GSE原理、操作和结果解读
26绘制常见图形和排版可自己提需求
31Linux基础操作常用命令解析,windows下操作
32Linux软件安装服务器操作
33Sed,awk操作ID转换、文件格式转换
34Linux命令练习准备常见绘图所需文件
35WGCNA基因共表达分析表型关联
36扩增子和宏基因组扩充基本概念及应用,和常见图表解读
37考试、圆桌论坛自评学习效果、知识点回顾
41答疑-线上答疑、考试内容串讲
生物信息基本知识和概念
生物信息基本知识和概念
生物信息是什么,能解决哪些问题,有哪些应用
高通量测序有哪些类型和应用,smRNA-seq,RNA-seq, GRO-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, Hi-C,scRNA-seq, ChIA-PET, FAIRE-seq, Ribo-seq, ChIRP, CAGE-seq, Clip-seq等等很多为解决特定问题而生的技术。
不同代次高通量测序技术的原理和优缺点
从细胞和DNA结构阐释生信在解析生物分子调控中的应用
其它您想了解的生信知识 (可报名时提出,也可现场提出)
CNS多组学文章2篇解读 (转录组、表观修饰组和突变组)
CNS常见生物信息图形含义解读、适用范围和在线绘制
扩增子和宏基因组
扩增子和宏基因组研究基本概念
扩增子和宏基因组研究基本分析思路
扩增子和宏基因组研究图标解读
微生物物种和功能组成CNS文章套路解读
常见分析和图形绘制
利用常见数据库挖掘基因的功能、表达模式和互作蛋白
从在线数据库获取细胞类型特异高表达的基因
在线数据库挖掘基因的转录因子调控信息和表观修饰信息
Cytoscape绘制网络图
Cytoscape绘制KEGG/Reactome通路图并进行表达属性可视化
Cytoscape绘制转录调控网络和蛋白蛋白互作网络
Cytoscape进行GO富集分析和可视化
Cytoscape进行文献挖掘,探索基因功能
GSEA本地软件使用和结果解读
其它软件后续补充
在线绘图工具介绍
文章发表图的修改和排版
R语言数据处理和绘图入门
多组学数据分析
在线基因组浏览器加载公共数据解析多组学数据, 联合发布的转录组、表观修饰和三维结构数据查找基因的调控关系.
生信Linux基础
生信软件安装基本概念和操作
生信Linux基础学习
在windows下如何利用简单命令转换文件格式,提取序列,ID匹配,为常用软件提供数据输入格式等
生信分析软件举例和适用范围介绍
当然,以上列出的也只是一部分内容,更多的还希望各位朋友踊跃提出,定制专属课程。
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