前沿 | RNA甲基化m7 G和m3 C测序方法

tRNA、rRNA和mRNA中核苷酸修饰，不仅影响RNA加工、转运和稳定性，也会影响mRNA翻译。目前已知天然的RNA修饰类型>150种，而高通量测序仅可以鉴定7种：m6A、m6Am、m1A、m5C、hm5C、Nm和ψ）。近期，Angew Chem Int Ed Engl杂志发表了一种新的甲基化修饰测序方法：AlkAniline-Seq。

AlkAniline-Seq包含3步连续化学处理：i RNA碱性水解形成脱碱基/abasic位点（硼氢化钠NaBH4处理），ii 广泛的5'-和3'-去磷酸化（碱性磷酸酶处理），和 iii 苯胺处理切割脱碱基位点N，从而暴露N+1位置的碱基5'-磷酸基团。进一步的接头连接步骤实现了苯胺裂解片段富集。使用Illumina技术对文库制备产生的dsDNA扩增子进行测序，其中Read1的开始对应于通过脱碱基位点切割去保护的N+1个核苷酸。 因此，reads比对到参考序列后，其'5'-端的计数指示切割的位置和强度。

注：图中D指二氢尿苷Dihydrouridine；修饰碱基（m7G、m3C或D）显示为蓝色圆点； 破碎的蓝色圆点对应于RNA脱碱基位点。

作者使用AlkAniline-Seq全面验证细菌、酵母和人类细胞质和线粒体tRNA和rRNA中已知的m7 G和m3 C位点，以及识别以前未发现的修饰位置。