在SNP研究领域,通过GWAS或者eQTL等手段,发现了大量与疾病或者某种复杂性状相关的SNP位点,而这些SNP的具体功能还需要进一步分析和挖掘。有科学家发现,SNP位点可以通过影响miRNA,从而引起疾病的发生与发展,所以研究miRNA相关的SNP位点是非常有意义的。
MirSNP数据库就是一个存储了miRNA相关SNP位点的数据库,网址如下
http://bioinfo.bjmu.edu.cn/mirsnp/search/
该数据库中包含两种miRNA相关的SNP位点,一种是位于pre-miRNA的gene上的SNP位点,这些SNP位点直接对miRNA的生成产生影响,分析过程示意如下
直接根据miRNA前体基因的染色体位置进行查找,筛选出位于该区域的SNP位点。
另外一种就是一开始讨论的位于miRNA集合区域的SNP位点,这些SNP位点可能会对miRNA与mRNA的结合造成影响, 分析过程示意如下
根据miranda
软件预测的miRNA结合区域信息,查找位于结合区域内的SNP位点。
官网提供了多种检索功能,以single search
为例进行说明,搜索框如下
支持Gene
, mRNA
, SNP
, miRNA
多种查询数据,可以根据不同人群中的MAF频率对SNP位点进行筛选,Bingding map
会显示miRNA和mRNA结合区域的详细信息, 检索结果如下所示
mirSVR
是mirRanda
软件给出的miRNA结合的打分值,Effect
是分析SNP位点对miRNA集合的影响,create
代表SNP发生导致mRNA上拥有了miRNA结合位点,enhance
代表SNP发生导致了miRNA结合区域更加稳定,break
代表SNP发生会导致失去了miRNA结合位点,decrease
代表SNP发生导致miRNA集合区域稳定性下降。
Score
值是miRanda
给出的miRNA结合区域稳定性的打分,数值越大,代表miRNA与mRNA结合形成的复合体结构越稳定,Energy
代表复合体的自由能,conservation
代表结合区域保守性的打分。
这个数据库依赖的miRBase, dbSNP数据库的版本示意如下
在现在看来,版本都比较旧了,但是它的分析思路仍然值得参考,我们可以利用新版本数据库中的信息,自己整理出miRNA相关的SNP位点信息。
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