作者：Karry
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本月American Journal of Human Genetics （AJHG）发表了一篇全基因组关联（GWAS）十年研究之路的回顾总结，具体内容《全基因组关联研究十年踪迹，下一个十年要去哪里？》。GWAS是一种用于研究基因变异和人群性状之间相关性的实验方法。
GWAS刚开始出现的时候，确实掀起了一股热潮，大量研究GWAS研究结果发表，但是一段时间后，大家不禁开始质疑这种相关性研究到底有什么意义？毕竟研究的最终意义是为了更好地理解疾病的病理生理过程，从而获得有效的预防、治疗方法。而GWAS给出的结果只是个统计学结果，跟真实的生物学关联还存在差距，却需要耗费大量的科研经费，这种矛盾一度让GWAS研究冷却下来。
近年来，随着新的分子技术、新分析方法的出现，GWAS结果能够更好地解释疾病，更好地实现临床转化，也成为近两年的研究新宠。不得不说，后GWAS时代已经来临，还不跟上节奏么？
小编今天分享的这个文章同样发表在本月的AJHG （IF=9.03） 上，文章的思路总结起来就是八个字，生信预测——实验验证。什么❓临床那么忙，还要学生信？！不要急，生信预测可以不会做，但是得知道它能做出来什么。其实好多生信做出来的结果可以直接发个5分左右的文章，但如果想发有情(fen)怀(gao)的文章，那么还是要做实验验证一下生信的结果，深入挖掘一下的。回复170721可下载文献，一周有效。
其实这篇文章解决了三个问题，层层递进。一是哪个常见SNP？二是怎么找到了AKT1？三是为什么是通过YY1？
哪个常见SNP？
通过对先前三个欧洲GWAS数据库的meta分析结果发现了rs2498796与子宫内膜癌之间相关性。本研究中，研究者在rs2498796周围1Mb区域内通过生物信息学的精细分析，分析包括了6608例子宫内膜癌病例和37925例对照，为了获得更多可能相关的SNPs，适当放宽了筛选标准（MAF≥1%，信息分值由先前的≥0.9降至≥0.4）。
通过Association test和Log-Likelihood test，最终在这1Mb区域内获得另外两个新的与子宫内膜癌相关的SNPs，rs2498794和rs2494737。
为什么是AKT1？
1）生物信息学分析发现这三个SNP都位于调控元件内，而这个调控元件可以调控的基因有ATK1、ZBTB42、SIVA1、ADSSL1、INF2。使用的数据库有Hnisz et al.和PreSTIGE，这两个数据库含有顺式增强子-基因相互作用的数据。
2）体外3C实验证明了这个调控元件只和AKT1基因经典(can)代替(alt)启动子以及ZBTB42基因启动子相互作用，与其他基因（SIVA1、ADSSL1、INF2）没有相互作用。只做了细胞实验，Ishikawa和EN-1078D内膜癌细胞。
3）体外荧光素酶报告分析实验证实了该调控元件（含参考碱基的等位基因，保护性等位基因）显著降低了AKT1和ZBTB42基因转录，表明该调控元件正常情况下发挥转录沉默作用。
随后又同样方法分析了含有低频碱基（风险性等位基因）对两个基因转录情况的调节，结果发现只有rs2494737 minor Allele显著增加了AKT1基因启动子活性，对ZBTB42基因无显著影响。
为什么是YY1？
1）生物信息学分析预测这些SNP可能影响了哪些转录因子的结合？
2）EMSA实验分析保护性等位基因和风险等位基因与上述预测的转录因子的DNA-蛋白结合能力，通过加入竞争试剂（针对rs2494737）的EMSA试验，证实了rs2494737等位基因（风险等位基因，minor allele）与YY1结合 。
3）ChIP实验在杂合的Ishikawa细胞中进一步证实了YY1与rs2494737 等位基因结合。
4）荧光素酶试验证实沉默YY1抑制了rs2494737对AKT1基因转录的激活作用。
是的，生物信息学预测+实验验证，一篇有意思的研究就做完了，读者可能有点晕乎，但是不重要，只要知道生物信息学可以给你提供哪些往下研究的思路就可以了，如果有时间有兴趣再深入做实验验证，就是一篇相当不错的文章。
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