果然，生信玩得好，文章才能发得溜。
虽然几年前转录组测个序、验证一下高低差异表达的基因后，就可以发一篇两三分的文章，但现在不继续做点通路、不找点明星分子就想发sci文章无异于是痴人说梦话。
然而，这里就有一篇做着白日梦、且发表于virus research 杂志上（IF：2.484）的文章，大家可以了解一下。
显然，从题目可知文章没有涉及通路研究，仅仅是进行了转录组分析。那么接下来就让我们看看此文献具体做了些什么。
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文章研究的是登革病毒，并提到有不同的细胞系可以用来扩增该病毒，由此会造成不同的生物学特征，包括致病性、毒力等的差异。
而microRNA在病毒与宿主之间扮演的具体角色还不是很清楚，那么从microRNA入手可以来探索不同细胞株潜在的生物特征差异。
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首先将登革病毒在临床样本中分离出。在常用宿主细胞C6/36(白纹伊蚊细胞)上进行分离出登革病毒后，再将病毒在Vero(非洲绿猴肾细胞)上进行扩增，经过传代，病毒的滴度越来越高，最后趋于稳定。
这样分别将在C6/36上和Vero细胞上传代的登革病毒全基因测序，文中发现它们是有差异的，体现在有三处碱基的突变，其中有两处造成了氨基酸的非同义突变，如下图所示。
随后将这两种经由不同细胞传代的病毒以及对照组提取总RNA，进行转录组测序，主要是microRNA的差异表达。
结果表明与空白组比较，C6/36宿主组有5个已知的miRNAs高表达，而Vero宿主组病毒有11个已知的miRNAs低表达，另外还有3个新的miRNAs存在差异表达。
为了验证高通量测序的稳定性和正确性，随机挑选其中六个miRNAs进行qRT-PCR的验证，结果表明与测序结果一致。
对测序结果进行GO分析和KEGG分析后发现，C6/36宿主组与Vero宿主组在参与生物学过程时有差异。
C6/36宿主组主要参与生物过程包括DNA修复、细胞对DNA损伤刺激的反应和细胞反应等；而Vero宿主组主要参与糖类代谢、病毒蛋白加工、刺激反应的调节与细胞通讯的调节等。
不同宿主影响病毒的信号通路也有显著差异。
最后，为了更好地看到差异基因之间的网络关系，研究者通过miRanda 和Targetscan预测了上调基因和下调靶基因之间的相互关系，得到网络图。
文章到这里就结束了，并没有进一步探索具体的信号通路以及相关基因蛋白与此的关系。
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总结一下全文：在不同宿主上的病毒体现出了基因的突变，这些突变会产生什么差异不得而知，而通过microRNA基因的差异表达谱及相关分析，可以得知他们在信号通路、参与生物学过程上的差异。
那么是不是尝试这种套路就一定要学会生信分析，包括GO、KEGG分析一系列的呢？如果这些生信分析你都会，当然是好事，但是即便你不会，现在只要是转录组测序，这些分析结果可都是全包的呀，那这样傻瓜式的套路还不赶紧学起来啊。
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