打开APP
userphoto
未登录

开通VIP,畅享免费电子书等14项超值服

开通VIP
BioGPS数据库:实打实的基因信息“定位器”

不吹不黑,这个网站真心好用。



确定某个拟研究的功能基因的可行性分析,是功能基因研究五部曲的第一步。而在确定某种疾病中具有研究潜能的功能基因时,查文献或通过数据库查询该基因的表达差异,无疑是一种最简单也最省事的方法。


鉴于GeneCards、UCSC等这些耳熟能详的基因信息数据库使用方法,解螺旋所研发的单元课优选365课程都已做了详细的介绍,本文就不再一一赘述了。在此,小鱼给大家分享另一个简便快捷查询的基因信息数据库BioGPS,可为大家研究功能基因提供科研灵感。


1


BioGPS是一个免费的统筹和查询基因注释的新资源,其基因注释包含了公共资源的信息及诺华研究部门所生成的数据,并具有开放的插件界面和自定义用户界面。


首先,打开BioGPS网站(网址:http://biogps.org/#goto=welcome)后,进入该网站的主页面(见下图)。显而易见,该界面着实简洁明了,确实是快速了解基因信息的不二法宝。



举个栗子,查询基因“PTEN”的详细信息,则可在搜索栏输入基因名称:PTEN,点击Search按钮。



在结果界面中,可看到左侧的PTEN信息列表,可以查询与PTEN相关的蛋白分子;右侧显示了该基因在不同物种中的情况。中间表格的第一行,则为人类PTEN基因的详细信息。



2


点击NO.1的序列后,可进入以下基因的详细信息界面:



(1)信息来源数据库(dataset)、探针集(Probeset)以及基因简介(Summary)。其中,信息来源数据库是可以更改的,点击右侧的change Dataset,便会出现有6个数据库和3028个数据文库,大家就可以根据需要自行选择。



(2)基因PTEN在不同物种以及不用组织中的表达量,可通过Zoom来调节柱状图的高度,使观察差异更加明显。


(3)基因PTEN的详细信息(如简称、全称以及不同数据的识别号Accessions)、染色体定位(Genome Location)以及基因功能(GO)、转录本信息、编码蛋白信息以及相关蛋白名称。


点击右侧相应链接可以跳转至相应的数据库界面,这也是该数据库最大优势:即可以在一个程序和界面下呈现各个分散数据库的数据资源,不需要再一个个分门别类去查询。


3


然后将结果界面向下拉,还可看到链接到GENE WIKI,详细了解基因的功能介绍以及相关参考文献。


本站仅提供存储服务,所有内容均由用户发布,如发现有害或侵权内容,请点击举报
打开APP,阅读全文并永久保存 查看更多类似文章
猜你喜欢
类似文章
【热】打开小程序,算一算2024你的财运
BIOGPS:一个简便快捷基因信息数据库
如何巧用数据库找到关键基因 – GCBI学院
GeneCards数据库介绍:了解你的目标基因
科研必备神器——蛋白质数据库(HPA)
跟着岳大师学ENCODE和RoadMap
如何利用GeneCards查找目标基因的详细信息
更多类似文章 >>
生活服务
热点新闻
分享 收藏 导长图 关注 下载文章
绑定账号成功
后续可登录账号畅享VIP特权!
如果VIP功能使用有故障,
可点击这里联系客服!

联系客服