Active Motif 丨12月表观遗传学研究最新资讯

01

增强版PAT-ChIP（EPAT-ChIP）技术——对保存的FFPE组织进行表观基因组分析

在最新一期的Clin Epigenetics中，Amatori博士及其合作者介绍了一种新的技术改进，可用于对福尔马林固定，石蜡包埋（FFPE）的病人样本进行染色质免疫沉淀检测。这种改进的病理组织染色质免疫沉淀技术称为增强版PAT-ChIP（EPAT-ChIP）。在这个新版本中，去除了常规PAT-ChIP实验中对轻度超声处理的染色质进行MNase酶切的这一步骤，在染色质提取之前增加了适度解交联的操作，并相应调整了适用于这种部分解交联样品的超声条件。

这些实验操作的调整提高了从FFPE样品中分离染色质的效率和质量，从而使科研人员能够对长时间固定的样本（72 h）进行ChIP实验，可以对低丰度的表观遗传标记（如H3K4me3等）进行检测，以及从少量起始样本中获得多个组蛋白修饰的信息。

Amatori, S. et al: Clin Epigenetics. 10(1), 143 (2018)

DOI: 10.1186/s13148-018-0576-y

 原文链接：

https://clinicalepigeneticsjournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13148-018-0576-y

02

MSL3新突变影响组蛋白H4K16ac修饰导致X染色体连锁综合症

在最新一期的Nature Genetics杂志上，来自A. Akhtar实验室的科学家们揭示了一个X染色体连锁人类综合症的分子机制，并在分子水平上描述了这种新型的神经发育障碍疾病。研究人员已经确定，X染色体上的连锁基因msl3突变是造成男性和女性个体出现这种障碍性疾病的原因。 

MSL3是一个表观遗传调控蛋白，参与到MSL复合体中调节组蛋白乙酰转移酶MOF的催化活性。MSL复合体参与人和果蝇细胞中的H4K16Ac修饰和相应的基因调控。

作者进行了一系列体内和体外试验来检验MSL3突变在人类表观基因组中的影响。大多数的MSL3突变发生在蛋白质的C末端部分，更确切地说是在MRG结构域，这个区域影响MSL复合体形成及MOF的酶活。在患者的细胞发现了一系列参与形态发生和细胞迁移的基因其表达模式发生变化，这种整体上的转录水平的改变进一步解释了该综合症呈现发育性迟缓的病征。

Basilicata, M.F.et al: Nat Genet. 50(10), 1442-1451 (2018)

DOI: 10.1038/s41588-018-0220-y

 原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41588-018-0220-y

03

利用低样本量Hi-C技术对原发病人组织进行染色质构象分析

Noelia Díaz博士及其同事开发了一种低样本量Hi-C实验的新方法，Low-C，一种改进的原位Hi-C方法，这种方法可以使用非常少量的起始样本生成高质量的全基因组染色质构象图。 研究人员利用1,000个细胞就可生成构象图，并能够检测所有的构象特征，如区室，拓扑相关结构域（TAD）和染色质环，其结果与用高样本量所产生的图谱相似。

此外，他们创建了来自弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者的原代B细胞的染色质构象图，并发现了患者特有的染色质易位和拓扑结构域差异，验证了Low-C技术用于检验疾病相关生物标志物的可能性。

Díaz, N. et al: Nature Communications 9, 4938 (2018)

DOI: 10.1038/s41467-018-06961-0

 原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41467-018-06961-0

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