内参对照是用来确认凝胶中加入的样品是否等量，特别是在比较不同样品中蛋白的表达水平时。它们也可以用于检查样品是否从凝胶转移到膜上。
甚至在还没上样或转膜时，也可以使用内参对照来定量每条泳道中的总蛋白。如需要发表文章，使用内参对照至关重要。
常用的内参对照：
上样与跑胶：
使用凝胶上样枪头或微型注射器将样品完整的加入孔中。注意不要接触到孔的底部，否则会产生扭曲的条带。
上样量不要过度。如果样品溢入相邻的加样孔中，会影响实验结果。
每孔加入 20-40 µg 总蛋白。
凝胶应该浸没在含有 SDS 的电泳缓冲液中，非变性凝胶电泳除外。
标准的 PAGE 电泳缓冲液是 1x Tris-甘氨酸：
25 mM Tris base
190 mM 甘氨酸
0.1% SDS
pH 约为8.3
按照推荐时间跑胶；不同机器的时间各不相同（根据电压，跑胶 1 小时至过夜不等）。
当染料到达凝胶底部时，关闭电源。此时蛋白将缓慢地从凝胶中洗脱出来，因此凝胶不要保存在溶液中；应立刻进行转膜。
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