话说2018已经所剩无几，不知各位小伙伴儿在2018年初立下的flag完成了多少，是不是和小编一样，发誓2019一定要把2018的flag完成呢？既然2018已经这样，咱们倒不如脚踏实地的学点小知识，下面小编将为大家简单的介绍一下STRING数据库的使用。
STRING数据库（https://string-db.org/）是一个在线搜索已知的蛋白互作关系的数据库，目前已经更新到10.5版本，共存储了2031个物种，9643763种蛋白，1380838440个相互作用的信息。
STRING数据库可以输入蛋白质名称或者蛋白质序列进行查询，需要注意的是，如果我们输入的是单个蛋白质名称，数据库将会输出与该蛋白质互作的所有蛋白质的互作图；但如果我们一次输入多个蛋白质名称或者序列，数据库将只输出输入蛋白质之间的互作网络图。
以数据库的示例数据为例，输入多个蛋白质名称，查看这些蛋白质之间的互作关系，具体步骤如下:
1
输入名称
输入多个蛋白质名称，如果蛋白质过多，可以将所有蛋白质名称整理到一个文件，直接上传文件，接下来可以选择查询的物种，本示例数据来源于数据库，所以物种已经默认不用选择 ，当然数据库也会自动识别物种。
2
search
一切就绪后，点击search按钮，跳转到如下画面：
3 CONTINUE
点击CONTINUE，得到最终的检索结果。圆圈代表蛋白质，直线代表蛋白质间的相互作用：
可能小伙伴们会有这样的疑问，我该怎么看这张图？其实看懂这张图并不难，只需要理解以下几个方面即可：
node
上图的圆圈就是节点，每个节点代表一个蛋白质，蛋白质中的螺旋代表该蛋白质的结构已知，如果该蛋白质结构未知，则圆圈内就是空。
edge
settings共有三种线型，数据库默认的线型是envidence,图片如下，node之间的连线代表两个蛋白之间的相互作用，不同颜色代表不同的作用类型，如下图所示。从图中可以看出，两个蛋白质之间的线不止一条，这表示这两个蛋白质之间的相互作用类型不止一种，既有实验验证的，也有数据推测的。
下图是confidence类型，线的粗细程度代表蛋白质之间的相互作用强度。
下图是molecular action类型，线形状表示预测的作用方式。
STRING数据库中edge的来源主要包含七部分，即实验数据、文本挖掘数据、数据库数据，基因邻接、基因融合、基因共表达。该系统利用一个打分机制对这些不同方法得来的结果给予一定的权重，最终给出一个综合得分。我们可以根据自己的需求，设置自己感兴趣的作用类型。
将默认的source更改之后，点击UPDATE更新图片，得到如下的图片：
除了蛋白质互作关系，STRING数据库在Analysis页面还为我们提供了互作基因的GO和KEGG富集分析的结果，如下图：
在Exports页面，我们可以导出蛋白质网络互作的图片（PNG/SVG），也可以导出对应的相互作用表格和蛋白序列，注释等信息，如下：
好啦，以上就是对STRING数据库的全部介绍，具体的可以参考数据库的说明。
最后，祝大家在2018年最后几天中一直开开心心，毕竟人生很长，2018 flag完不成，还有2019呢。
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