杨湘云
前言：
蛋白质组学研究中，为高通量、高准确的深度覆盖样品蛋白质信息，除质谱仪硬件的灵敏度和高分辨率影响因素外，样品前处理、质谱数据采集和数据分析均至关重要。样品前处理过程复杂，且需要根据具体的实验目标进行优化，目的是减少在样品处理阶段对蛋白造成的降解和修饰，释放尽可能多的肽段，用于最终质谱的检测。为降低科研工作者在前处理阶段的工作量，本期我们给大家介绍赛默飞2018年推出的更简化、更标准的EasyPep™样品制备试剂盒（P/N A40006）。
在传统的前处理过程中，除了细胞裂解提取蛋白质和超声破坏DNA之外，样品制备还需要还原烷基化、蛋白酶切、去除可能干扰MS的盐和其他污染物等过程。这些过程的不确定性都可能导致低重现性和定量结果的偏差。
EasyPep™试剂盒包含蛋白提前所需的各种溶液、蛋白酶、肽段清洁柱及优化的实验方案（如图1）。该试剂盒可处理10-100ug的蛋白样品。整个过程更加简便快捷，全过程仅需3~5小时！
图1. 基于EasyPep™的前处理流程（点击查看大图）
该试剂盒采用一系列可以简化样品制备的措施，通过核酸酶降低核酸的粘度，无需超声处理； “一锅式”地快速还原/烷基化；采用胰蛋白酶/ Lys-C混合酶切，酶切更完全。此外，该试剂盒包括肽段清洁柱，过柱后的肽段可用于直接LC-MS分析。如图2所示，与其他前处理过程相比，EasyPep™的方法可以鉴定到更多蛋白，同时样品回收效率也更高。
图2. 传统前处理流程与基于EasyPep™的前处理流程的耗时对比（点击查看大图）
EasyPep™试剂盒可广泛适用于细胞、组织以及血清血浆等样本。相比于目前常用的蛋白酶，Trypsin/LysC混合蛋白酶效果更佳，完全酶切的肽段比例高达92%。此外，得到的肽段可直接用于磷酸化富集、高pH反相分级分离或TMT标记等后续处理。
图3. EasyPep™前处理与TMT标记联用（点击查看大图）
EasyPep™样品制备试剂盒提供最为高质高效的前处理方案，整个过程简单易用。很好地解决样品处理过程中的蛋白降解、人为修饰、酶切效率低和重现性差等多种困扰。
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