SNP在世界的频率分布可以查看NCBI,千人基因组数据,ExAC等等。但是对于部分人的需求,可能是直接画出在世界范围内的分布,而不是只查看某个群体的频率,这个时候就需要自己画图或者借住已经存在的网站了。
下面简单介绍两个网页工具。
1、第一个是Geography of Genetic Variants Browser,简称GGV。
其界面如下:
这个网站包含很多个数据库的变异(SNP+INDEL),样本量大,因此画出来的图比较好看。常见的输入格式有:rsID,chr:pos,比如 :
chr1:742429
1:742429
rs3094315
网址地址:https://popgen.uchicago.edu/ggv/
2、第二个工具是HGDP
个人感觉画出来有点丑。。都是同一所大学开发出来的。
常见的输入格式可以是:基因,chr:pos1-pos2, 如下所示:
SLC24A5
Chr9:660,000..760,000
KITLG
其界面如下:
需要声明的是,这个网站是很久以前开发的,历史比较久远。而且近期发现的变异在这个网站上也是找不到的。还有一点的是,土黄配深蓝,真的是出奇的丑,个人真心不喜欢。 当然,你也可以两个网站都试试,看看喜欢哪个就用哪个。
网址地址:http://hgdp.uchicago.edu/cgi-bin/gbrowse/HGDP/
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