蛋白组测序发“短平快”文章

想发“短平快”文章？

没问题，看看别人是如何通过蛋白组学技术发“套路”文章的。

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背景介绍

胰腺癌（pancreatic cancer，PC）是目前死亡率第四的癌症。外周血单核细胞（peripheral blood mononuclear cells，PBMCs）,包含：T细胞，B细胞和自然杀伤（NK）细胞，在人体免疫功能中扮演重要的角色。PBMCs与人体疾病密切相关，譬如：癌症。

套路——技术路线

联用蛋白组学技术DDA（data-dependent acquisition）和新宠DIA(data-independentacquisition, DIA)，利用DDA构建数据库，DIA分析DDA数据，生物信息学分析，最后WB验证找标记物，轻松发“短平快”文章

。

材料与分组

一共27个血液样本，分为健康组（NC）、良性疾病组（BD）、癌症组（PC），每组各9个

1. 蛋白质鉴定

为了挖掘更多的蛋白质生物标志物，iTRAQ-2D-LCMS /MS策略执行两次：6-plex 和8-plex iTRAQ，1D-LCMS /MS分析用于SWATH定量建库。共有3357个蛋白被鉴定，错误率FDR<>

2. 蛋白质相对定量

将iTRAQ定量数据与SWATH分析数据导入EXCEL中分析。NC与BD组设为对照组与PC组对比，T检验和foldchange(FC,FC>1.2 或C<>

3. 生物信息学分析

利用String 数据库(https://string-db.org/)分析114个差异蛋白的功能结合网络（图A），并进行生物过程（biological process，BP）（图B），分子功能（molecular functions，MF）（图C）和细胞成分（cellular components，CC）分析，IPA分析前10个差异蛋白质的富集通路（图D）。

图 A

图 B

图 C

图 D

4. WB验证

在所有失调的蛋白质中，APOA1显著下调，CCS显著上调。WB验证结果显示：这两种蛋白质可以显着区分PC组和对照组（NC和BD）（图E），这意味着它们可作为PC病人诊断的标志物。

图 E

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