plink合并文件并更新SNP位置（merge file, update SNP position）...

plink为全基因组关联分析（GWAS）常用的分析软件，下面简要介绍以下我们常用到的合并文件和更新SNP的常用命令。

一、合并文件

plink合并文件需要用到“merge”参数

如果是ped和map格式文件，则用以下命令：

plink --file data1 --merge data2.ped data2.map --recode --out merge

如果是二进制文件和ped,map格式文件，则用以下命令：

plink --bfile data1 --merge data2.ped data2.map --make-bed --out merge

如果都是二进制文件，则用以下命令：

plink --bfile data1 --bmerge data2.bed data2.bim data2.fam --make-bed --out merge

二、更新SNP位置

假设更新 rs10002到位置580000，如下所示：

原始文件：

    ...     rs10001   500000     rs10002   580000     rs10003   540000     rs10004   560000     ...
新的文件：

     ...     rs10001   500000     rs10003   540000     rs10004   560000     rs10002   580000     ...

更新SNP位置可以采用plink的“--update-name ”和“--update-chr”参数

具体命令如下：

./plink --bfile mydata --update-map rsID.lst --update-name --make-bed --out mydata2

或者

./plink --bfile mydata --update-map chr-codes.txt --update-chr --make-bed --out mydata2

rsID.lst的输入格式如下：

   SNP_A-1919191   rs123456    SNP_A-64646464  rs222222    ...

chr-codes.txt的输入格式如下：

   rs123456     1   rs987654     18   rs678678     X   ..

参考链接：

1、http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/dataman.shtml#merge

2、http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/dataman.shtml#updatemap