首先，这是一篇充满铜臭味的推文。对于一个研究炎症的课题组，老师肯花钱让我们做lncrna的研究，我是满怀感激的，lncrna虽不及外泌体、泛素化这些国自然上的热门话题那么火热，但依然还是有它的地位在的。可是，开始的开始，我们还是小白，我刚进实验室的时候，连什么是lncrna都不知道，更何况是让我去找它的靶基因。可是你们懂得，导师们特别喜欢把lncrna和通路联系起来，在那个我还不知道实验万事屋的年代，我一点点的查，一点点的找，后来，我终于学会了如何去爱。。。。lncrna。。。。
lncRNAs作用范围广泛，机制非常复杂，我们可以根据lncRNA不同的作用模式——顺式（cis）和反式（trans），比如Signal，Decoy，Duide，Scaffold分析，也可以根据lncRNA与不同的分子分为DNA、RNA和蛋白的相互作用，从转录和转录后水平分析。
一、 根据顺式（cis）和反式（trans）的作用模式来预测
（来自文献图片，RNA聚合酶转录后得到一个与调控蛋白相关的LncRNA，从而影响附近区域的编码基因）
比如说，科学家对cis作用靶基因预测，认为LncRNA的功能与其相邻的蛋白编码基因相关，位于编码蛋白上下游的LncRNA可能与启动子或者共表达基因的其他顺式作用元件有交集，从而在转录时或者转录后水平对基因的表达进行调控。判断一个LncRNA具有Cis调控作用通常要同时满足以下几个条件( 可以理解成是一种近距离的正反馈或负反馈)：
1. 附近的基因表达情况与其保持一致；
2. 该基因失活后会影响周围基因的表达；
3. 会影响附近同一位点的基因表达。
满足以上的条件后，首先找出位于其上游或者下游的编码蛋白基因，通过对编码蛋白的功能富集分析，从而预测LncRNA的主要功能，为后续Cis作用分析打下基础（大部分公司会提供这类信息）。
Trans作用靶基因预测
（来自文献图片，LncRNA与DNA结合蛋白相关联，并调控相关靶基因的表达）
Trans作用靶基因预测基本原理认为LncRNA的功能跟编码基因的位置关系没有关系，而与其共表达的蛋白编码基因相关。也就是说，当LncRNA与一些距离较远的基因在表达量上存在正相关或负相关的情况时，就可以通过样本间lncRNA与蛋白编码基因的表达量相关性预测其靶基因。虽然说，Trans作用靶基因研究价值更大，但是如果的你的样本量太少，建议不要选择Trans，结果并不是很具有代表性。
二、根据lncRNA结合的核酸序列来预测
实际上这种方式是最容易想到的，也是文献中最多看到的。因为lncRNA也是核酸，而核酸与核酸之间是有碱基互补配对的，不管是lncRNA与microRNA还是mRNA，都可以通过以下特性进行预测：
1、lncRNA-microRNA-mRNA
这里适用的模式是lncRNA可以作为microRNA sponge吸附在microRNA上，或者进一步通过ceRNA的作用机制调控靶基因，原理都是microRNA与lncRNA和mRNA的序列结合，大家可以通过starbase（http://starbase.sysu.edu.cn/）这个网站进行查询。
2、lncRNA-mRNA
lncRNA与mRNA之间的直接互补也能帮我们预测靶基因，比较常见的是反义lncRNA（Antisense lncRNA）与mRNA结合形成RNA二聚体，保护mRNA使之更难被RNA酶降解。因此这种模式来预测靶基因的原理就是预测lncRNA序列与mRNA序列结合的自由能，自由能越小，越容易结合。师姐之前推荐过一个网站，可以在线查询lncRNATargets（http://www.herbbol.org:8001/lrt/），但是我从来没有打开过，（所以真的是一篇一篇文献查的。
三、根据蛋白的结合特性来预测
lncRNA与蛋白的结合也有一定规律，比如RNA结合蛋白，因此，我们可以依据这些规律预测lncRNA的结合蛋白，比如工具包括RBPDB（http://rbpdb.ccbr.utoronto.ca/index.php）、RNAcommender（http://rnacommender.disi.unitn.it/）等。
不过，如果有money，上面这些都是可以交给公司来做的。所以，这是一篇充满铜臭味的推文。
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