1 群体结构分析（Population genetic structure） 群体结构，即群体成员的构成。系统发育树（进化树）、群体遗传结构（Structure）和主成分分析（PCA）被誉为“群体结构三剑客”，可以直观地展现研究群体的亚群分化情况。
犬类驯化历史一直以来都是进化遗传学领域的研究热点之一。 2013年发表在Science的一篇文章（Thalmann et al., 2013），通过对18种分布于欧亚和美洲大陆的远古犬类以及百余种现代犬、狼的线粒体基因组进行深度测序，利用DNA变异信息构建系统发育树，推测出现代犬类大约于18,800-32,100年前起源于欧洲。 晚些时候的另一项研究（Shannon et al., 2015），检测了161种纯血犬和549种乡村犬的全基因组序列，结合详实的数据和缜密的分析（PCA、Structure、单倍型分析、进化树、基因流，等），认为绝大部分乡村犬种的血缘来自当地，其中亚洲犬主要起源于中亚（只有很少的欧洲血统）。 道理不辨不明，通过大量的相关研究和优秀分析工具的有力支持，现代犬类的起源和驯化过程正变得越来越清晰。 |
2 选择性消除分析（selective sweep） 选择性消除，指由于经历较强的选择作用，物种/群体基因组上一个位点（及相邻序列）遗传多样性下降或差异消除的现象，是确定受选择作用基因位点、进行环境适应性或人工驯化相关研究的主要方法之一。 受选择效应作用相关基因区域的定位，主要的分析参数包括：核苷酸多态性（π/θπ），群体分化系数（Fst）和中性学说Tajima's D，等；如下图所示，通常至少两项参数均超过阈值的部分，即为受选择效应作用区域候选位点。
同样是在犬类人工驯化相关领域，2016年的一项研究分析了藏獒高原低氧环境适应能力的遗传基础（Miao et al., 2016）：该文研究人员利用公共数据库中下载的基因组序列数据（包括分布于不同海拔的狼、犬各4个群体，以及一个胡狼外群），结合选择性消除分析、ABBA/BABA检验（Durand et al., 2011）、基因分化指数计算等多种工具，确证决定低氧适应能力的EPAS1和HBB基因位点，在藏獒基因组中的等位基因来自于高原灰狼的水平转移。 |
3 种群历史研究（Population history） 即分析种群有机体数量变化和影响因素，以及种群演化过程中发生的一些历史事件；可概括为数量、时间、空间三个结构，其中种群数量是种群动态历史的核心。 有效群体大小（effective population size，Ne） 指与实际群体具有相同基因频率方差或相同杂合度衰减率的理想群体大小，它反映了群体平均近交系数增量的大小，以及群体遗传结构中基因的平均纯合度。
2017年一项针对栽培玉米驯化过程的研究（Wang et al., 2017），选择31个地方品种和4个野生样本（墨西哥类蜀黍）进行高通量测序，结合群体动态历史、群体结构、遗传多样性分析等多种方式，表明现代玉蜀黍经历了长期的驯化瓶颈以及一系列建立者效应事件，最终形成了今天世界范围内的品种分布样式。  |
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