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收藏|2019年核酸研究数据库汇总
NAR19年度数据库包括168个,其中64个是新的,92个是站内发表更新过的,12个是站外发表站内更新的。
名单如下
Database Brief descriptiona
AleDB Mutations from Adaptive Laboratory Evolution experiments
AlloMAPS Allosteric signaling and mutations in proteins
AmtDB Ancient mitochondrial DNA
Ancestral Genomes Reconstructed ancestral genomes
AWESOME Impact of SNPs on post-translational modifications
Bactome Sequences, transcriptomes and phenotypes of clinical isolates of Pseudomonas auruginosa
CAGm Catalog of all germline microsatellites
CancerSEA Cancer single-cell state atlas
CancerSplicingQTL Splicing quantitative trait loci in cancer
CellMarker Cell markers in human and mouse
Cell Model Passports Human cancer cell models
ChIPprimersDB qPCR oligonucleotide primers for chromatin immunoprecipitation (ChIP)
CMAUP Collective molecular activities of useful plants
CoevDB Pairwise nucleotide coevolution
CRISPRlnc Validated CRISPR/Cas9 sgRNAs for model organism lncRNAs
Cucurbit Genomics Database Genomics of the Cucurbitaceae family
dbAMP Antimicrobial peptide sequences, structures and properties
DSMNC Database of somatic mutations in normal cells
EDK Editome disease knowledgebase
EncoMPASS Encyclopedia of membrane proteins analyzed by structure and symmetry.
EndoDB Gene expression in endothelial cells
ENPD Eukaryotic nucleic acid binding proteins
ETCM Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine
EVmiRNA miRNA in extracellular vesicles
EWAS Atlas Epigenome-Wide Association Studies
EWASdb Epigenome-Wide Association Studies Atlas
FusionGDB Fusion Gene annotation DataBase
gcMeta Microbiome research data
Genome Properties Pathways and other properties represented by sets of protein families
HACER Human ACtive Enhancer to interpret Regulatory variants
HmtVar Human mitochondrial DNA variants
iDOG Dog data on genes, SNPs, diseases etc.
iProX Proteomics datasets
jPOSTdb Japan ProteOme STandard environment
KinaMetrix Protein kinase models, conformations and ligands
liqDB Small RNA expression profiles in biofluids
LncBook Human lncRNA knowledgebase
MemProtMD Membrane Proteins Embedded in Lipid Bilayers
MethMotif Transcription factor binding motifs coupled with DNA methylation profiles
NucMap Nucleosome positioning map across species
OncoBase Regulatory somatic mutations in human cancers
OpenProt Eukaryotic coding potential and proteomes
Pancan-meQTL Methylation quantitative trait loci in cancer
PDX Finder Patient-derived xenograft models
PED Plant Editosome Database
PreMedKB Precision medicine knowledgebase
piRTarBase piRNA targeting sites
Plasmid Atlas Plasmid annotations and metadata
PLSDB Plasmid annotations and metadata
PopHumanScan Positively selected regions of the human genome
qPhos Protein phosphorylation dynamics
RetroRules Reaction rules for synthetic biology
RNact Experimental and predicted protein–RNA interactions in human and mouse
SAGD Sex-associated gene database
SEdb Super-enhancer database
SSRome Microsatellites in all organisms
SymMap Traditional chinese medicine including symptom mapping
Translocatome Translocating human proteins
Trips-Viz Transcriptome browser
UniLectin Lectin structure and function
ViBrism DB Tomographic transcriptome and co-expression networks in mouse brain
Victors Virulence factors
VMH Virtual metabolic human
YeastRGB Expression and localization of yeast proteins
Database Brief descriptiona
CADD Combined annotation-dependent depletion
GENCODE Reference annotation for the human and mouse genomes.
glycosciences.DB Glyco-related databases
Haemopedia Haematopoietic expression data
HumanNet Human gene functional network
LncACTdb lncRNA–miRNA–gene interactions
MoonDB Known and predicted multifunctional proteins in model organisms
OrthoInspector Orthologous relations and phylogenetic profiling
piRBase piRNA function and annotation
Stemformatics Stem cell and other cell-specific gene expression
UNITE Internal transcribed spacer sequences for fungal identification
Vesiclepedia Extracellular vesicles
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