TCGA数据库ATAC-seq挖掘代码分享

--生信自学网光俊

首先，我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据，下载界面如下。我们可以选择红色部分，可以下载raw count，也可以下载normalize count。下载了数据的话，我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。

1. 1.    下载好后，我们就可以画覆盖度图了，使用的包是karyoploteR，需要详细介绍，大家可以看看生信自学网的另外一个帖子”线性基因组可视化神来之笔---karyoploteR”。下面我们看看覆盖度的脚本，脚本和脚本得到的图形如下：

1. 2. 染色体特征图绘制，主要包括三种图形：柱状图，饼图，venn饼图，代码和效果图如下：

1. 3.    接下来，我们要看看Upset图，大家可以把他当作venn图，但是如果集合大于5个的时候，venn就不大好用了，这个时候，我们就可以选择Upset图代替venn图了。

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1. 4.    接下来，我们看看热图绘制和TSS分布图。

1. 5.    接着，我们看看怎么做GO和KEGG富集分析。

1. 6.    接下来，我们看下怎么得到motif图。

最后，我们可以将ATAC数据和mRNA表格数据进行联合分析，得到联合分析结果，代码和图形如下：