UALCAN--简单易行的TCGA数据挖掘网站

UALCAN （http://ualcan.path.uab.edu）是一个TCGA数据库在线分析和挖掘的网站，基于PERL-CGI、javascript和css所搭建的。

四大优点：

1. 方便快速的获取TCGA癌症数据

2. 可以用來验证biomarker

3. 提供基因资料超链接（HPRD、GeneCards、Pubmed、TargetScan、Thehuman protein atlas、OpenTargets、GTEx）

4. 提供基因表达水平，生存分析，相关性分析，近期，该网站增加了DNA启动子区甲基化数据

Step 1 

在主页右上角有一个Analysis选项，戳它

Step 2 

选择分析类型

Scan by genes可以直接查询单个或多个基因；Scan by gene classes，有各种类型的gene class，有的是蛋白类型，比如激酶kinase，泛素连接酶，蛋白酶，磷酸酶，还有根据功能划分的，比如细胞周期，凋亡，转移，还有通路的，比如p53，Hedgehog通路等。

本文以浸润性乳腺癌，KLC3基因为例显示结果，输入基因，选择癌症类型,点击Explore。

Step 3 

选择所需的数据链接

左侧区域链接的是基因在癌症中的分析结果，右侧区域链接到外网数据库，可以查看基因的修饰，位点信息，miRNA预测等。

KLC3的表达水平，右上角可以自行选择需要研究的样本类型

生存曲线

DNA启动子区甲基化水平

一个操作简单、能快速挖掘和分析TCGA数据的网站，希望大家喜欢。