UALCAN (http://ualcan.path.uab.edu)是一个TCGA数据库在线分析和挖掘的网站,基于PERL-CGI、javascript和css所搭建的。
四大优点:
方便快速的获取TCGA癌症数据
可以用來验证biomarker
提供基因资料超链接(HPRD、GeneCards、Pubmed、TargetScan、Thehuman protein atlas、OpenTargets、GTEx)
提供基因表达水平,生存分析,相关性分析,近期,该网站增加了DNA启动子区甲基化数据
Step 1
在主页右上角有一个Analysis选项,戳它
Step 2
选择分析类型
Scan by genes可以直接查询单个或多个基因;Scan by gene classes,有各种类型的gene class,有的是蛋白类型,比如激酶kinase,泛素连接酶,蛋白酶,磷酸酶,还有根据功能划分的,比如细胞周期,凋亡,转移,还有通路的,比如p53,Hedgehog通路等。
本文以浸润性乳腺癌,KLC3基因为例显示结果,输入基因,选择癌症类型,点击Explore。
Step 3
选择所需的数据链接
左侧区域链接的是基因在癌症中的分析结果,右侧区域链接到外网数据库,可以查看基因的修饰,位点信息,miRNA预测等。
KLC3的表达水平,右上角可以自行选择需要研究的样本类型
生存曲线
DNA启动子区甲基化水平
一个操作简单、能快速挖掘和分析TCGA数据的网站,希望大家喜欢。
联系客服