摘要：美国医学遗传学与基因组学学会(The American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)曾制定过序列变异解读指南。在过去的十年中, 随着新一代高通量测序的出现, 测序技术有了快速发展。利用新一代 测序技术, 临床实验室检测遗传性疾病的产品种类不断增加, 包括基因分型、单基因、基因包、外显子组、基因组、转录组和表观遗传学检测。随着技术的复杂性日益增加, 基因检测在序列解读方面不断面临着新的挑战。因 此 ACMG 在 2013 年成立了一个工作组来重新审视和修订序列变异解读的标准和指南, 工作组包括 ACMG、分 子病理协会(the Association for Molecular Pathology, AMP) 和美国病理学家协会(the College of American Pathologists, CAP)的代表。该工作组由临床实验室主任和临床医生组成。
本报告代表了工作组中来自 ACMG, AMP 和 CAP 的专家意见。本报告提出的建议可应用于临床实验室的各种基因检测方法, 包括基因分型、单基因、基因包、外显子组和基因组。本报告建议使用特定标准术语来描述孟德尔疾病相关的基因变异——“致病的”、“可 能致病的”、“意义不明确的”、“可能良性的”和“良性的”。此外, 本报告描述了基于典型的数据类型(如人群数据, 计算数据, 功能数据, 共分离数据)对变异进行五级分类的标准过程。由于临床基因检测分析和解读中不断增加 的复杂性, ACMG 强烈建议临床分子基因检测应在符合临床实验室改进修正案(CLIA)认证的实验室中进行, 其 检测结果应由通过职业认证的临床分子遗传学家或分子遗传病理学家或相同职能的专业人员解读。
随着遗传病患者样本中所检测基因数目的快速增加, 临床分子实验室检测到越来越多的新的序列 变异。某些表型仅与单个基因相关, 而多数表型与多 个基因相关。对某个给定序列变异的临床意义进行 分级解读, 从某个变异几乎可以肯定是某种疾病的 致病性变异到几乎可以肯定是良性变异。虽然 ACMG 之前的建议提供了序列变异的解读分类及解读的算法, 但并没有提供明确的术语或详细的变异分类指导。本研究依据专家意见及经验数据, 阐述 了最新的序列变异分类标准和指南。
1．方法
2013 年, ACMG, AMP 和 CAP 的成员, 代表临床 实验室主任和临床医生成立了一个工作组, 该工作 组依据专家建议、工作组共识和公众反馈开发了一种可以对现有的证据进行加权的系统,并应用此系统 对序列变异进行标准分类。为了评估临床实验室的 观点, 对列入 GeneTests.org 上位于美国和加拿大的 超过 100 家的测序实验室进行了调研, 要求各实验室 填写参考术语及变异分类的评估证据。这些实验室 有检测包括罕见病、药物基因组学和癌症体细胞突变 的经验。第一次调研于 2013 年 2 月开展, 该调研旨在评估参考术语的偏好, 调研结果公布在同年 ACMG 年会公开论坛上, 该年会有超过 75 个与会者参加。调研结果代表超过 45 个位于北美的实验室。调研和 公开论坛的结果表明: (i) 五级术语系统“致病的”、 “可能致病的”、“意义不明确的”、“可能良性的”和“良 性的”是优选认可的, 且已在多数实验室使用; (ii) 工 作组的首要重点应着重于孟德尔疾病和线粒体变异。
在第一次调研中, 参与的实验室被要求提供他 们的变异评估方法, 最终有11 个实验室提供并分享了他们的变异评估方法。通过分析所有提交的方法, 工作组制定了一组准则, 包括变异证据评估的加权标准体系和应用这个标准将变异归类为五类的分类准则。 在今后的几周时间里, 工作组成员通过在自己 实验室或其他机构已进行分类的变异来验证这个方案。 另外, 还将典型变异的常见证据进行分类, 来测试工作组成员达成一致的现有方法是否可以对这些 变异 进行分类。2013 年 8 月 , 第二 次调研在GeneTests.org 上的相同实验室以及 AMP 清单上的约 2000 个单位中进行, 同时给各单位提供了分类方案 和详细的方案补充说明, 要求各实验室使用该分类 方案并对以下内容进行反馈, 包括各标准的适宜性和每个标准的相对权重、分类体系的易用性以及他们 是否会在自己的实验室采用这样的体系。来自超过 33 个实验室的答复表明多数实验室支持所推荐的分 类方案, 同时, 他们的反馈进一步地指导了标准和指 南的完善。
2013 年 11 月, 工作组在 AMP 会议期间举行了 超过 50 人参加的研讨会, 提出了修订后的分类标准 和两个评分体系。 一个体系与这里介绍的方法是一 致的, 另一个体系则是一个分数体系, 每一项标准都有一个分数, 正分数为致病标准, 负分数为良性标准, 根据总分数进行变异分类。参与者使用此系统并进行反馈, 回答在评估变异证据过程中他们如何权 衡各个标准(如强、中度或支持、或不使用)。参与者的反馈结果再次综合到这里介绍的分类体系中.。但要指出的是, 虽然大多数回复更倾向于分数评价体 系, 但本工作组认为, 每个标准中具体分数的设置 量化了对每个标准的理解, 但是这一量化指标目前缺乏科学依据, 并且没有考虑遗传证据解读时的复杂性。
工作组还评估了文献中推荐的其他专业协会和工作组在乳腺癌、结肠癌和囊性纤维化中已制定的变异分类指南, 以及在特定疾病中应用统计分析来进行变异定量评估的方法。这些变异分析指南在特定条件下是有效的, 但很难将他们推荐的标准应用于所有基因变异及不同的实验室条件。本文描述的 变异分类方法适用于所有孟德尔基因变异, 包括单基因、多基因包、外显子组和基因组测序发现的变异. 期望这种变异分类方法会随着技术和知识水平的提高而与时俱进。由于不同基因和不同疾病中的应用和加权评估的标准可能不同, 特定疾病组的工作应继续 , 以制定更有针对性的具体基因的变异分类指南。
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