研究人员利用一种开创性新方法绘制了少量细胞（包括单细胞）和单个植入前胚胎的染色质上转录因子和DNA结合蛋白图谱。
来自美国匹兹堡大学生命科学学院，麻省大学医学院的研究人员利用一种开创性新方法：uliCUT＆RUN绘制了少量细胞（包括单细胞）和单个植入前胚胎的染色质上转录因子和DNA结合蛋白图谱。
这一研究成果公布在4月4日的Cell杂志上，由美国匹兹堡大学生命科学学院的Sarah Hainer和麻省大学医学院的Thomas G. Fazzio领导完成。
CUT＆RUN是一种类似于广泛使用的染色质免疫沉淀（ChIP）技术的方法，这种方法能确定染色质上的蛋白质定位。然而，目前用于DNA结合蛋白的全基因组作图方法需要数万，甚至数百万个细胞，因此在体内完成DNA结合蛋白的作图十分受限——许多生物学重要意义的细胞群中的细胞数量都不大。
CUT＆RUN最初于2017年得以改善，可以成功应用于1,000多个细胞群。在最新研究中，Hainer和Fazzio试图进一步改进这项技术，终于首次成功在单细胞和单个植入前小鼠胚胎中完成了全基因组作用因子的图谱。
他们将这种技术命名为超低输入CUT和RUN（ultra-low input CUT&RUN，uliCUT＆RUN），实验证明，在大多数细胞中只有一小部分转录因子结合位点被占据，因此证实了多细胞实验所进行的检测，而且研究还表明，uliCUT＆RUN可以检测转录因子与细胞发育或疾病关键稀有细胞群的结合。
“通过将定位研究推进到单细胞和单个胚胎水平，未来的研究可以聚焦于细胞异质性和有限生物样品的研究，”Hainer说，“通常，组织样品中细胞数和细胞纯度之间的平衡，会不利于ChIP-seq分析纯化组织特异性细胞群。 而uliCUT＆RUN从50个细胞中获得因子结合图谱的能力与高细胞数的图谱高度重叠，因此几乎可以从任何可用的样本进行绘图。”
参考文献：
Profiling of Pluripotency Factors in Single Cells and Early Embryos
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