肿瘤免疫细胞浸润是近年来的一个热点，无论是基础研究还是数据挖掘都是比较热的，这里我们主要讲一下数据挖掘，因为这个成本比较低，而基础研究成本高，不是人人都能做的。
GEO数据和TCGA数据可以做，自己的测序数据也可以做，得到数据后，我们就可以将其转化成22种免疫细胞所占百分比的矩阵（CIBEＲSOＲT 软件转换），后面的分析跟其分析也是差不多的，画几张图，搞个模型，做一个生存分析。这里我们主要讲解一下TCGA数据，主要是因为TCGA里面有临床数据，下面我们来看看具体的操作：
1、下载TCGA mRNA FPKM格式的数据，转化整成具有gene symbol的矩阵，同时下载临床数据
2、使用limma包矫正一下数据，然后是用CIBEＲSOＲT 软件转换成22种免疫细胞的矩阵（网站或者代码都额可以实现）
3、这里主要是画一些图看看，这些图可有可无
4、也可以做一下免疫细胞之间的相关性，正常样本与癌症样本的差异分析
5、可以搞个模型
6、同时还可以做搞一下免疫细胞与临床特征的相关性
按照这个思路发篇SCI妥妥的，上面的分析都可以找我们做，SCI狂人团队会员可以免费帮做一次这样的分析，有需要的同学可以加微信：scikuangren
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