长链非编码RNA(lncRNA)是一类真核生物中长度大于200 nt的非编码RNA分子；虽然关于lncRNA已有很多研究，然而目前只有少量lncRNA的功能完全明晰。依据其与邻近基因的位置关系，可将lncRNA分为反义lncRNA、 增强子lncRNA、基因间lncRNA、双向lncRNA和内含子lncRNA。
本期被撩地对象是：反义lncRNA。简单来说就是lncRNA与编码基因分别位于DNA的正义链和反义链上并有一定的重叠（overlap）关系，而且这种lncRNA的命名方式也不复杂：基因+AS（antisense），比如：lncRNA BACE1-AS就是与编码基因BACE1处于antisense关系的一条lncRNA。反义lncRNA能调控相应基因的转录和反义，在很多情况下它起到抑制作用。如果对反义lncRNA概念还比较模糊的，看这图↓：
看一下本期的文章。
一、题目
研究单位：歌德大学心血管再生研究所
杂志：Nature Communications（IF=12.353）
结论：研究了HUVEC在缺氧条件下对lncRNA表达的影响，通过LOXL2与其负调节因子lncRNA GATA6-AS之间的相互作用，介导了内皮基因表达和血管生成的调控机制。
简单地给大家介绍一下今天的主角——赖氨酰氧化酶样蛋白（Lysyloxidase-like 2, LOXL2），是LOX家族成员之一，该家族蛋白对于胶原纤维、弹性纤维的形成以及结缔组织的发育有着极为重要的影响。尽管LOX蛋白具有十分重要的生理功能以及疾病关联性，但多年以来该家族蛋白尚无任何结构得以解析。清华大学生命科学学院博士生张曦（施一公教授课题组）在PANS上所报导的人源LOXL2晶体结构则填补了这一空白。越来越多的研究表明LOXL2与肿瘤的侵袭、转移都有密切的关系，但在不同类型的肿瘤中发挥的作用是不同的，甚至是矛盾的。因此需要深入研究，了解其中的分子生物学机制。
A：LTQ及其介导的生化反应；B：hLOXL2晶体结构 (residues 318-774, N455Q)
二、结果分析
STEP 1
将HUVECs处于低氧（12h，24h）和常氧环境下，RNA测序发现GATA6-AS在低氧状态下显著升高。通过分析CHIP-Seq数据和计算机预测发现GATA6-AS启动子与低氧诱导转录因子结合。
STEP 2
为了研究GATA6-AS在EMT机制中所扮演的角色，做沉默GATA6-AS的体外实验。结果表明沉默GATA6-AS可减少EMT，促进血管形成。
STEP 3
RAN pulldown技术找GATA6-AS互作的靶蛋白，质谱检测为LOXL2蛋白，RIP技术反向验证。
STEP 4
既然找到了与GATA6-AS互作的蛋白，那么就要探究一下GATA6-AS与LOXL2两者之间的关系了。不过当研究者沉默GATA6-AS后，并不影响细胞内外LOXL2水平。
PS: To be honest，大雄的实验结果要是这样的话，会默默的起身，然后去天台吹吹风~~~
STEP 5
那两者间存在什么联系呢？核内的LOXL2可以通过特异性地结合H3K4me3作为转录共抑制因子，研究者猜测GATA6-AS可能通过调控内核的LOXL2功能从而发挥调控作用。基于此，研究者沉默GATA6-AS后H3K4me3表达水平下降了30%，而沉默LOXL2后H3K4me3表达水平反而上升。GATA6-AS在内皮基因表达中充当核LOXL2功能的负调控基因。
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