随着肿瘤的前瞻性临床测序在癌症治疗中的应用，迫切需要一种临床支持工具，能够将与特定突变事件相关的临床证据提炼成标准化且易于解释的格式。目前已经有很多这样的数据库，比如：OncoKB，My Cancer Genome和CIVIC等，在这里给大家详细介绍另一个好用且仍在更新的癌症基因数据库-CKB。
杰克逊实验室临床知识库(CKB)是一个半自动/手工管理的数据库(https://ckb.jax.org/)，与基因组数据库(如COSMIC或cBioPortal)不同，其更侧重于存储来自患者临床样本的基因组数据，进而可用于癌症基因组变异的大规模分析。
杰克逊实验室80多年来在基因发现方面发挥着重要作用，从最早将癌症确定为一种遗传疾病研究，到今天精确医学领域的工作，为改善人类健康做出了很大的贡献。
CKB数据概述:
CKB知识库包含基因/变异注释、治疗、诊断/预后信息以及与肿瘤相关的临床试验，不仅收录了有关体细胞基因变异对蛋白功能影响的最新信息，还通过循证医学证据将变异与靶向治疗联系起来。此外，CKB整理了临床试验患者包括基因组改变(基因型特异性)的入组标准，目前CKB的公共访问版本包含85个常见驱动基因。
CKB中的数据关系
CKB分子谱包含一个或多个基因变异，包括任何单核苷酸变异、插入、缺失、重复、拷贝数变异和/或表达变化。单核苷酸变异、小插入或缺失以及重复的命名遵循HGVS命名法。CKB还包含了“higher order variants”以适应未指定的变异，如EGFR mut、EGFR act mut(用于EGFR激活突变)和EGFR exon 19 deletion。另外更复杂的分子谱可以包含来自多个基因的变异，如“KRAS G12D + PTEN dec exp + TP53 R306*”。
这些分子谱通过“分子档案反应”链接到有效的证据注释，这些注释由已发表的文献整理而成。可以清晰地查询到复杂分子谱与治疗反应之间的关系（图1a）。尤其是复杂分子谱的概念的引入，使治疗效果数据与多个基因组变化同时关联，可以快速准确地评估复杂的癌症相关数据，可能有助于简化临床决策。例如EGFR E746_A750del和MET扩增，在一项临床研究(证据来源)中被证明具有该复杂突变的肺腺癌(肿瘤类型)患者对奥希替尼(治疗)具有耐药性(反应类型) （图1b）。
图1
数据分布情况
对CKB中有效性证据的分析显示， 9271个证据中有31%与复杂的分子结构有关，其中，87.3%的证据系基于临床前研究(图2b中蓝色条形图之和)，12.7%来自临床研究或临床试验数据(图2b中橙色条形图之和)。在所有与复杂分子谱相关的证据中，55.1%与阳性反应类型相关(表明分子谱与治疗反应之间存在阳性关联的证据)，44.9%与阴性反应类型相关(图2b)。
图2
肿瘤中经常存在复杂的基因变异，但目前大多数与癌症相关的疗效数据都显示为在单个相关改变的背景下，因此很难判断在肿瘤这种复杂的变异情况中的治疗效果，然而该CKB数据库，整理了各种复杂场景的证据解释，并将可能影响治疗效果的机制可视化，相信将能够为临床决策或科研提供很大的帮助。
杭州莲和医学检验所有限公司 莲和是清华启迪科技服务集团旗下子公司，专注于肿瘤精准医疗领域的技术研发与基因检测服务，服务网络遍布全国22个省市。莲和研发中心位于北京亦庄开发区，设立杭州检验所，凭借优质的产品和服务，获得了国内数百家肿瘤专业医疗机构的高度认可。 莲和医疗检验实验室严格按照ISO15189：2012及CAP标准建立完善的质量管理体系，并积极参加外部能力验证活动，以满分成绩通过2018年美国病理学家协会CAP- PT能力验证以及卫生部临床检验中心（NCCL）2017、2018年多次高通量测序室间质评，并在欧洲分子基因诊断质量联盟（EMQN）组织的多项考核中取得优异成绩。 凭借强大的研发实力和技术优势，莲和医疗与全国近300家三级甲等医院及肿瘤专科医院机构建立了精准医疗业务合作；支持、参与国内各大型医疗科研30余项，受到广泛关注。
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