ICB-scSeq 单细胞转录组测序

▲“ICB-scSeq”单细胞测序建库原理图

ICB-scSeq

单细胞转录组测序

ICB-scSeq（Intelligent Combinatorial Barcoding-single cell Sequencing，智能组合标签法单细胞测序）是由上海其明信息技术有限公司研发的单细胞测序技术，它是一种通过组合条形码（combinatorial barcoding）标记RNA细胞起源的单细胞测序的方法，可用于可控规模化分析单细胞的功能。

技术路线

技术参数
细胞固定策略	ICB Cell Fixation Reagent
测序策略	Illumina Sequencing
测序深度	50000raw reads/cell

技术优势

1

细胞检测通量更高，研究深度更广

“ICB-scSeq”单次能够检测3,000-300,000个细胞。可控的细胞检测通量，适合珍贵稀少细胞；最高30万的细胞检测通量，可满足单细胞深度研究。

2

兼容固定细胞

“ICB-scSeq”能够兼容固定细胞作为实验材料，并不限于新鲜的样本。这使得单细胞研究者取样之后可以在任何想要的时间使用可干冰寄送样本，带来时间和地域上的灵活性。

3

超高捕获率

“ICB-scSeq” 的细胞捕获率高达97.5%，不只节省样本，最关键的是能够高度还原样本真实情况。

4

无需预实验

“ICB-scSeq”正式建库之前，不需要进行预实验即可保证结果可靠性，节省样本、缩短实验周期。

5

生信分析经验更丰富、结果更可靠

十三年分析经验的生信团队针对单细胞研究开发出“基础+高级+多样本”分析策略，分析结果全面可靠。

送样要求

• 固定后细胞总量不小于1x105 [ql1] cells，浓度需稀释至1,000,000 cells/mL，体积不小于100μL。

• 固定前细胞活率：＞80%（传代细胞＞90%）

• 固定后细胞活率：＞70%（传代细胞＞80%）

• 注：细胞固定好后，根据测定的细胞浓度，将细胞稀释至1,000,000 cells/mL

生信分析策略

1

基础分析

▲下游的分析- QC

▲聚类分析visualisation by t-SNE

▲Visualisation by UMAP

2

高级分析

marker gene analysis

subcluster analysis

lineage analysis

trajectory inference & pseudotime analysis

▲ Marker gene expression heatmap

▲Marker gene expression in each cluster

▲DGE gene functional enrichment analysis

(GO , KEGG)

▲Lineage analysis  谱系分析

▲Subcluster analysis

▲lineage analysis

▲ pseudotime analysis

3

多样本整合分析

鉴定两组共有的细胞类型

鉴定两组共有的marker gene

鉴定两组间特异的差异基因

▲Intergration and clustering

▲Dotplot of marker gene

▲Conserved and specific marker gene

应用场景