2019肿瘤蛋白质组学高分文章频现

本文今年2月底发表在Nature上，该研究通过对复旦大学附属中山医院手术切除的肝细胞癌及配对癌旁组织进行蛋白组学和磷酸组学分析，提出早期肝细胞癌的蛋白质组学分层方法，并发现一种称作甾醇O-酰基转移酶1（SOAT1）其表达水平与肝癌患者较差的预后密切相关。团队随后在中山医院254例肝癌组织芯片中进一步验证：SOAT1的表达水平与肝癌患者的总体生存时间显著相关，多因素分析显示SOAT1是早期肝癌患者的独立预后因素。为了进一步挖掘SOAT1的临床价值，利用中山医院肝外科构建的PDX模型进行了SOAT1抑制剂——阿伐麦布（avasimibe）的药效学研究。以往该抑制剂作为一种治疗动脉粥样硬化药物进行临床试验，还从未发现其抗肝癌作用。研究团队发现，阿伐麦布能够显著抑制SOAT1高表达PDX模型的肿瘤大小，且未观察到明显毒副作用。该临床前研究结果显示，阿伐麦布有望成为肝癌靶向治疗中的一种新型药物，在肝癌药物治疗中发挥重要作用。上述成果发现了肝癌精准治疗新靶点，开启了蛋白质组学驱动的精准医学新篇章。

本文采取多种类型检测手段（靶向性质谱和高灵敏度ELISA）相结合的方式，研究者对大量临床组织样品的定量分析发现LIF在胰腺肿瘤组织中特异性高表达，并且与其他常见实体瘤相比，LIF的癌特异性高表达具有明显的胰腺癌特异性。相关性分析表明，LIF在胰腺肿瘤组织中的表达量与病人的病理状况，特别是分化状态及生存期紧密相关。同时，病人血液中的LIF变化水平与药理反应的病理分析结果高度一致，由此证明其作为胰腺癌生物标志物的可行性。在实现对胰腺癌的诊断之外，他们还发现，LIF蛋白是一个治疗胰腺癌的全新的药物靶点。由于晚期胰腺癌对化疗药物有很强的耐受性，而且对放射治疗不敏感，目前胰腺癌的治疗效果都难尽如人意。而LIF蛋白的发现，将有望破解胰腺癌的治疗困境，为胰腺癌病人带去生存的希望。

5月2日，又一篇卵巢癌新靶点的文章在nature上重磅发表！！还是那个蛋白质组，却是肿瘤领域又一重要新发现！肿瘤转移一直是困扰癌症治疗的一大问题。5月2日，来自芝加哥大学的Ernst Lengyel研究团队在顶级期刊Nature在线发表了题为“Proteomics reveals NNMT as a master metabolic regulator of cancer-associated fibroblasts”的研究。

研究人员利用蛋白质组分析，找到了介导卵巢癌转移的“帮凶”--- NNMT（nicotinamide N-methyltransferase），而该关键靶标蛋白有望成为抑制卵巢癌细胞转移的干预靶点。

2019年5月2日，Cell杂志报道了美国休斯敦贝勒医学院研究人员利用基因、转录、蛋白及翻译后修饰等多组学技术，对结肠癌/癌旁组织进行了系统、全面的分析，整合多组学结果为后续癌症治疗方案提供了新思路，同时也为生物标志物筛选、药物靶点、分子分型等研究工作奠定理论基础。作者对110例结肠癌肿瘤患者的癌组织和癌旁组织使用全外显子组测序 (WXS)、基因组测序、RNA测序、microRNA测序、蛋白质组学以及磷酸化蛋白质组学等方法进行全面系统的分析。通过比较多组学数据结果发现Label-free蛋白质组学对基因功能的预测能力高于RNA测序分析，TMT蛋白质组学更优于前两种，并突出蛋白质组学研究基因功能的优越性。

本文报道了年轻人群中弥漫型胃癌(GCs)的蛋白质组学分析。磷酸化蛋白质组的数据阐明了与体细胞突变相关的信号通路，基于突变-磷酸化的相关性。mRNA和蛋白丰度之间的相关性提供了潜在的癌基因和与患者生存相关的肿瘤抑制因子。此外，通过对mRNA、蛋白质、磷酸化和N-糖基化数据的综合聚类分析，确定了弥漫性GCs的四种亚型。利用蛋白质组学数据可以区分这些亚型。四种亚型分别与增殖、免疫应答、代谢和侵袭相关，主要通过磷酸化和N-糖基化数据确定与免疫和侵袭相关的通路。因此，我们的蛋白质组学分析除了基因组分析之外，还提供了更多的信息，这可以提高对弥漫性GCs中癌症患者分型的了解。