做生信，你需要一款好用的文本编辑器

VSCODE

vscode是微软出品的一款轻量级的文本编辑器，虽说轻量，但是功能强大。vscode主要的特点就是运行速度快，支持windows，macos和Linux多个平台，并且提供了大量第三方插件，可以这么说，如果你愿意折腾，vscode可以支持任何的编程语言。我们主要使用vscode来打开文本文件。在图形界面下，文件一般根据扩展名会选择默认的程序打开，例如txt格式默认使用记事本打开。但是生物信息分析经常产生各种扩展名结尾的文件，例如fasta，fa，fna，faa，fq，gff，bed，list，out等等，这些其实都是文本文件，我们都可以使用vscode来打开。而且vscode支持语法高亮，这样它会自动根据不同的扩展名文件使用不同的语法高亮，例如.sh识别为Linux Shell，.py为python程序，.pl为perl程序。

软件安装

下载地址：https://code.visualstudio.com/
这里我们以windows版本作为演示，其他版本大同小异，安装比较容易，直接下一步下一步就可以了。注意这里将下面所有选项都框选上，这样就可以将程序添加到右键菜单，以后打开文件很方便。

调整主题

安装完成之后，后面就可以点击鼠标右键，选择“Open with Code”，使用vscode打开文本文件了，非常的方便，即使是比较大的文件，也能够快速打开。默认的主题是黑色的，如果想调整主题，可以点击左下角的设置突变，在选择color theme选项，也可以在Settings选项，在全局进行设置，这样后面一劳永逸。

这里我们一个400多M的fastq文件，毫无压力。

扩展插件

vscode一个强大的功能就是有无数的插件，这些插件让vscode无所不能，插件的安装也比较容易，选择左侧第五个图标，可以搜索各种插件，例如关于python的，perl的，R的，markdown，excel等等，这里我们安装一个名为bioSyntax的插件，这个插件的作用是专门用来展示生物数据的，例如扩展名为fasta，fastq，gtf，bed等文件，可以展示特定的语法高亮。

查看fasta格式文件，每种碱基显示不同颜色。

设置中文

默认vscode采用英文显示，没有办法通过设置显示成中文，不过可以通过添加插件的方式，只需要安装“Chinese”插件即可，非常容易。

再次打开之后，所有的菜单就变成中文显示了，方便了很多。

环境配置

如果想在vscode中运行代码，例如执行python，perl，java，R，markdown等，将vscode变成一个（集成开发环境）IDE，也是可以的，只不过配置起来稍微麻烦一下。可能需要自己修改很多配置文件，目前我们使用vscode主要用来查看文本文件和高亮脚本代码，后面自己可以搜索文档，尝试配置一下，例如在vscode中配置python环境，网上有非常多这样的教程，大家可以尝试去配置一下。

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