推荐一个绘制基因结构的小工具

废话不多说，今天为大家推荐一个绘制基因结构的在线小工具：Exon-Intron Graphic Maker。它可以根据序列长度等比例绘制gene的结构元件，比如5' UTR、 CDS、 外显子、内含子、突变位点、结构域、3' UTR等。

它支持导出PDF格式的矢量图，可生成发表级质量的基因结构图。

工具链接：

http://www.wormweb.org/exonintron

打开链接后，首页是这样子的：

至于软件的使用非常简单，只要将对应区域的核酸序列复制粘贴到下图对应的文本框中即可。

我这里举个简单的例子，假设已经从文献、数据库（如ensembl，下图）或是GTF/GFF文件拿到了准确的基因结构信息。

首先，先把5' UTR和3' UTR的序列粘贴到相应的文本框中，然后将CDS序列复制粘贴到中间的文本框中，注意，外显子的序列用大写字母表示，内含子的序列用小写字母表示，如下图。小技巧：在word中通过快捷键Shift+F3快速切换选中字母的大小写。

当然你也可以用逗号将外显子和内含子分隔开，空格不纳入序列长度的计算中。

输入序列后，该工具会实时显示绘制结果，如上图，左边白色的矩形为5' UTR，右边白色的多边形为3' UTR。还可以在结构图上添加标记，第一个碱基对应的位置为1，我这里简单标记了转录起始位点和第二个内含子。

此外，还可以添加蛋白的domain标记。注意，domain的开始位置（１）是起始密码子ATG，是基于氨基酸而不是碱基。可以用于设置domain的颜色为 black，red，green，blue，orange，purple和gray这7种颜色。当然调整颜色也不是问题，导出PDF文件后，可在Ai（Adobe illustrator）中进行后期调整。

右上角的标尺默认长度（Scale length）为100 bp，我这里改为1000bp。

调整满意后，可右键基因结构图，另存为PNG格式的位图。当然，为了便于后期使用Adobe Illustrator 或 Inkscape进行编辑，可点击Download High-Quality PDF按钮下载PDF格式的矢量图。

最终的效果如下：