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lncRNA信息数据挖掘之实操视频教程

查询lncRNA的全面信息,好像也没那么难。


lncRNA红火至今,其相关数据库可谓是多如牛毛。初学者稍有不慎,就会陷入无从选择的迷茫困境,致使lncRNA研究硬生生地被卡在科研门外。

研究者如若不想与心怡的lncRNA分子失之交臂,就需要先通过lncRNA相关数据库,对lncRNA的序列大小、染色体定位、其表达的时间/组织特异性等信息进行详细分析,以便尽量做到知根知底。

而为了让大家对lncRNA的所有信息一览无遗,酸谈学社针对lncRNA数据库使用的痛点,贴心推出单元视频课【LncRNA信息检索数据库教程】

课程中梳理了lncRNA研究相关的生物信息学网站,并对相关网站的使用方法和注意事项进行视频演示,可让初接触lncRNA的学员们有种拨云见日之感。

01

lncRNA基本常识介绍

关于lncRNA,科研界里总是有着层出不穷的新进展以及聊不完的新话题。而lncRNA之所以能在科研最前线混的风生水起,自然有其独特之处。
正所谓知彼知己,百战不殆。课程则对lncRNA的具体特征、命名规则以及生理功能做了详尽的介绍。


随后课程中以明星lncRNA Xist为例,详解了lncRNA序列查询的几个主要网站的使用方法和注意事项,如通用型的NCBI、Ensembl和专用型的LNCIpedia、Noncode,同时也对页面检索结果进行细致入微的解读,学习之后lncRNA序列查询则不再成为研究障碍。

02

NCBI-Gene数据库

NCBI的Gene数据库是一个可检索的基因注释数据库,主要收录已完成测序的基因组(如人类、小鼠基因组等)且有活跃研究团队提供基因特异性数据的基因。至今收录了来自5300多个物种的约430万条基因记录。


03

Ensembl数据库

Ensembl数据库网站开始于一个真核生物基因组注释项目,其侧重于脊椎动物的基因组数据,但也包含了其他生物,如线虫,酵母,拟南芥和水稻等。

目前,越来越多的基因组数据已经被添加到了Ensembl,同时Ensembl可用数据的范围也扩展到了比较基因组学、变异,以及调控数据。


04

NONCODE数据库

NONCODE,是一个比较全面的非编码RNA(尤其是LncRNA)注释数据库,不仅提供了lncRNA的基本信息,如位置、正义/反义链、外显子等,还提供了诸如表达谱、外泌体表达谱、保守性信息、功能预测和疾病关系等高级信息。

05

LNCipedia数据库

LNCipedia,是一个lncRNA的综合数据库,收录了120353条来源于不同数据库或研究的人源LncRNA转录本的信息。
除了基本的转录本注释信息和结构外,还包含了一些统计数据,如蛋白质编码潜力、基因保守性等。

06

彩蛋:LncRNADisease数据库

考虑到LncRNADisease数据库能提升lncRNA在医学研究中的实用性,为利用lncRNA解读疾病的发生发展添油加火。

课程的彩蛋对lncRNAdisease数据库的三大应用进行了注释分析,以判断差异表达的lncRNA相关疾病和相互作用分子,助力大家快速锁定核心lncRNA。

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