ceRNA网络构建
医学方前期出品的3个数据挖掘的课程广受学员的好评,其中《GEO、TCGA、Oncomine数据库》课程着重介绍了几个数据库的基本用法,包括从数据的下载、数据的预处理、差异基因的筛选、功能富集等等,最快速地带领大家走入生物信息学的大门,从一开始建立对分析数据的自信心。
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学会用DEseq2进行差异分析
ceRNA又称竞争性内源RNA,其较好的整合了多分子之间的相互关系,是目前科学研究的一大热点,同时又是文章发表的一大亮点,而且其背后所蕴含的各类数据清洗和处理的方法也是学习其它组学的奠基石。不可否认,如果可以深度挖掘ceRNA,轻则可以发paper,重则可以申基金。因此本教程的推出,既可以给大家提供一个发paper的思路,还可以提升大家的数据清洗说的能力,本课程具有以下亮点:
❶ 一键解锁TCGA的多种数据的多种下载方式,可以轻松入门TCGA。
❷ miRNA成熟体和前体的区别以及两种表达矩阵的下载。
❸ 多种方法批量解锁miRNA靶基因的获取,不在为几十个miRNA的靶基因获取而烦恼。
❹ 学会从TCGA中获取lncRNA的表达矩阵
❺ 解锁lncRNA靶基因的获取
❻ Cytoscape网络构建与美化
在本次视频中,希望大家都能学会基于TCGA数据库ceRNA网络构建。
① ceRNA背景知识
② TCGA数据下载
③ lncRNA表达矩阵获取
④ miRNA数据下载
⑤ mRNA/lncRNA/miRNA差异分析
⑥ 基于数据库miRNA靶基因获取
⑦ 批量预测miRNA靶基因
⑧ lncRNA靶基因获取
⑨ 基于Cytoscape构建ceRNA调控网络
⑩ Cytoscape网络的美化
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