有许多小伙伴表示：
一直用TCGA，就是不会分析，这个很好用的。要是有更多这样的分析工具就好了！
没错，没有计算机基础不会R，做分析是很麻烦的。虽然有很多分析公司，但有些简单实在是没有必要找公司做，这些时候这些在线分析工具就非常好用了。
因此，小编搜集整合了网络资料和其明信息内部培训资料，给大家总结有哪些TCGA数据在线分析工具！
TCGA数据与下载
TCGA中每个文件都含有很多标识符（ID），这里罗列几个常用的进行简单介绍：
TCGA中的每种癌症类型都包括体细胞突变、拷贝数基因表达、miRNA表达、DNA甲基化、逆转蛋白相位阵列（RPPA）和临床信息。我们只能选择公开以及可用的数据进行下载
在线分析工具推荐
进入TCGA之后，你可以通过GDC Data Transfer Tool进行下载，也可以通过以下介绍的TCGA在线分析工具进行下载：
上表中的工具分类：
全局分析工具：能够检查癌症基因组的整体特征，Ⅰ类仅提供全局分析，Ⅱ类提供除全局分析之外的选定目标分析；
目标分析工具：是研究人员最常使用的基于网络的公共工具，可以深入分析具体的基因或基因集，甚至miRNA等研究对象，方便使用者调查癌症数据中自己感兴趣的目标；
辅助分析工具：可以将TCGA数据转换为易于访问、浏览和下载的在线资源。这些数据可以帮助用户补充实验结果或提供额外的证据和解释，帮助研究人员更全面地分析自己的研究和促进生物学发现。
突变分析
有10种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer3D 、cbioportal 、CELLX 、IntOGen 、TANRIC 、TCGA Clinical Explorer 、TCGA4U 、UCSC Xena 、Vanno ）可以进行突变分析。
一般来说，推荐使用cbioportal，因其包含多种癌症类型和多种可视化分析功能，功能强且易于使用。
2
相关性分析
有17种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer Landscapes 、canEvolve 、cbioportal 、CELLX 、GDISC 、GEPIA 、MethHC 、MEXPRESS 、OASISPRO 、Regulome Explorer 、TANRIC 、TCGA Clinical Explorer 、TCGA NG-CHM 、TCPA 、Wanderer 、Zodiac ）可以进行相关性分析。
总的来说，推荐使用麻省理工和哈佛大学Broad研究所研发的Broad GDAC Fire-hose，因其有多种分析算法供用户使用，功能全面，且包含多种分析工具。
3
差异分析
有12种在线工具（Broad GDAC Firehose 、canEvolve 、cbioportal 、CELLX 、GEPIA 、MEXPRESS 、OncoScape 、TANRIC 、TCGA4U 、TCPA 、UALCAN 、Wanderer）可以进行差异分析。
一般推荐使用分析基因表达谱的工具GEPIA。差异分析是该工具的主要分析功能，其在线分析界面简单易懂，非常易于理解和使用。
4
通路分析
有8种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer Landscapes 、canEvolve 、MethHC 、OncoScape 、PathwayMapper 、Regulome Explorer 、TCGA NG-CHM）可以进行通路分析。
推荐使用Broad GDAC Firehose和OncoScape，前者分析方法丰富，后者简单直观。
5
生存分析
有16种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer Landscapes 、canEvolve 、cbioportal 、CELLX 、GDISC 、GEPIA 、KMplotter 、OASISPRO 、PROGgeneV2 、TANRIC 、TCGA Clinical Explorer 、TCGA4U 、TCPA 、UALCAN 、UCSC Xena）可以进行生存分析。
6
泛癌分析
有8种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer Landscapes 、cbioportal 、IntOGen 、Regulome Explorer 、TCGA NG-CHM 、UCSC Xena 、Zodiac）可以进行泛癌症分析（pan-cancer analysis）。
一般推荐使用cbioportal和Cancer Landscapes，前者收集了来自泛癌研究的大量样本且拥有强大的分析能力；后者的癌症图谱模型中包含了泛癌模型，可以直接用于分析。
本期推荐的工具比较多，各位可以按需取用。
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