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【案例分享】二代测序助力综合遗传疾病诊断——软骨发育不全

孩子的身材矮小是很多家长较易忽视的问题。在中国,矮小症的发病率为3%,而就诊率却不足1%。有大于1/3的家长没有科学测量儿童身高的习惯;近3成的家长常误认为“孩子矮小是发育晚”;约3成的家长误认为只要营养跟上了身高就能追赶上,于是给孩子“疯狂”进补,其实营养过剩容易引起性早熟,性早熟的孩子骨龄会提前闭合,反而会促成矮小症的发生。

孩子身材矮小背后的发病原因很多,常见的有几类:家族性矮小;体质性生长发育延迟;全身性疾病(如营养不良,慢性腹泻,哮喘等);骨骼发育异常;先天和遗传性疾病及内分泌疾病。因此,家长在孩子1岁时就应该关注其身高,及时确诊,找出病因,以确保在最佳治疗期,及时地、针对性地进行治疗。

据研究,人体的最终身高75%取决于遗传因素。下面,小编将和您分享一例针对儿童矮小,通过基因检测的方式确诊遗传性罕见疾病——软骨发育不全的案例。

案例分享

患者信息性别:女,年龄:6岁。

现病史:身材矮小,身高明显低于同年龄组平均身高;肢体短小,但躯干和头发育正常,智力正常。

病理诊断:疑似软骨发育不全。

样本类型:EDTA抗凝血4ml。

检测内容:

包含基因的全外显子区域,涵盖4000余种常见遗传疾病。检测范围包括基因编码区单核苷酸的多态性(SNP)、小片段插入/缺失(InDel)等突变类型。

检测结果:

本次检测到可以解释该疾病的致病突变,如下表所示。

基因

名称

变异

信息

疾病相关

信息

遗传

模式

人群频率

临床

意义

FGFR3

杂合
c.G1138A:p.G380R

软骨发育不全

(achondroplasia/hypochondroplasia)

AD

1000G:未知
ESP6500:未知

ExAC:未知

致病突变

注:AD为常染色体显性遗传

临床意义解读及遗传咨询建议:

1)辅助疾病诊断,从基因检测的结果来看,本次检出FGFR3基因G380R基因突变为已知致病性变异,关联疾病软骨发育不全和软骨发育低下与受检者临床表型匹配;

2)建议:建议父母及其他家属开展该位点的验证。目的是鉴定该突变为:新生突变或遗传于父母一方。

家系验证结果:

亲属关系

验证结果

临床意义

爷爷

GG

健康

奶奶

AG

致病

爸爸

AG

致病

妈妈

GG

健康

弟弟

GG

健康

携带致病变异的一代测序结果:

奶奶,下图为反向互补序列,检测结果为CT,互补正向基因型为GA。

爸爸,下图为反向互补序列,检测结果为CT,互补正向基因型为GA。

家系图谱:

注:黑色带*标注为患者,白框表示正常

检测结果说明:

患者的爸爸和奶奶为软骨发育不全基因突变患者,且该疾病为家族性,患者的弟弟正常未携带基因突变,且以后无患病风险。

另外,根据软骨发育不全相关研究表明,该疾病患者在0~4岁及40~50岁之间不良反应较严重,家属应在该年龄段予以较多关注。

《权力的游戏》“小恶魔”扮演者彼特·丁拉基,软骨发育不全症患者

认识软骨发育不全

软骨发育不全是一种短肢侏儒症形式疾病。软骨是一种坚韧而灵活的组织,早期发育过程中形成骨骼。然而软骨发育不全的问题不是软骨的形成而是将其转换为骨(这一过程称为骨化)的过程出现问题,尤其是手臂和腿的长骨。软骨发育不全与另一个骨骼疾病类似即软骨发育不良,但软骨发育不全的症状往往更严重。

临床特征

所有软骨发育不全的患者都有身材矮小的特征。软骨发育不全的成年男性患者平均身高为131厘米(4英尺4英寸),成年女性的平均身高为124厘米(4英尺1英寸)。软骨发育不全的特征包括一个平均大小的躯体,手臂和大腿短小,肘关节的活动范围有限,并且具有突出的额头。手指通常很短,无名指和中指可能分开,使手具有三叉戟外观。软骨发育不全患者通常智力正常。

常伴有软骨发育不全的健康问题包括,呼吸减慢或短时间停止(呼吸暂停),肥胖,和复发性耳部感染。在儿童时期,有这种情况的人通常会产生明显的、永久性的下背部(前凸)和弓形腿的摆动。一些受影响的人也会出现脊柱前后弯曲畸形(驼背)和背部疼痛。软骨发育不全一个可能的并发症是椎管狭窄。椎管狭窄会伴有疼痛、刺痛和腿部无力,可能会导致行走困难。软骨发育不全另一个罕见且严重的并发症是脑积水,这是由于在受影响的儿童中脑积液积累导致头部增大导致的,同时会导致相关的大脑异常。

发病率

新生儿患病概率为:1/15,000~1/40,000

基因

FGFR3等

遗传方式

软骨发育不全是一种常染色体显性遗传,大约80%软骨发育不全的患者有表型正常的父母;这些病例是由于FGFR3基因新发突变导致的结果。在其他情况下,软骨发育不全患者已经从父母一方或双方遗传了变异的FGFR3基因。继承了两份这种基因变异的患者,通常有更严重的软骨发育不全症状包括骨头极度缩短和发育不全的肋骨,会导致妊娠期间胎儿死亡或出生后不久死于呼吸衰竭。

二代测序助力综合遗传疾病诊断

明确的遗传诊断对遗传病的早期诊断、早期干预、遗传咨询和生育指导具有重要意义。在人类在线孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)记录的数千种遗传病中,儿童是这些遗传病累及的主要人群。

宝藤生物推出的常见遗传疾病诊断与携带者排查项目,包含从OMIM数据库中选择6110个基因全外显子区域,涵盖4000余种常见遗传疾病,包括常见的遗传代谢病、十大系统(包含神经系统、血液系统、内分泌系统、泌尿系统、消化系统、呼吸系统、免疫系统、循环系统、眼科、骨骼系统和皮肤科等)常见遗传疾病,以及今年国家卫生健康委办公厅新发布的罕见病。检测范围包括基因编码区单核苷酸的多态性(SNP)、小片段插入/缺失(InDel)等突变类型,可经济、快速、准确地进行单基因/多基因遗传病的基因检测,为临床提供可靠、及时的遗传诊断信息。

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