又双叒叕，单细胞转录组遇见CNS

2019年10月9日，Nature上一篇题为Decoding human fetal liver haematopoiesis的研究，利用单细胞测序技术对受孕后4周至17周的人胚胎肝脏、卵黄囊、肾脏和皮肤组织的单细胞转录组数据进行分析，构建了完整的人胚胎造血和免疫系统发育图谱。（https://www.nature.com/articles/s41586-019-1652-y）

单细胞转录组之前是跟常规转录组一起开课的，但后来因为涉及内容多，也需要更专业的讲解，8月份第一次单飞独自开课，邀请中科院单细胞分析算法开发博士倾力授课，一鸣惊人，取得了很好的效果。

现于2019年11月29日-2019年12月1日在北京鼓楼推出《单细胞转录组数据整合分析第二期》专题培训，在第一期基础上进一步精进提高，适合研究临床、动物、植物的科研工作者参加。

如果时间等不及，可以参加我们的线上视频课程，随时加入，随时开始。（购买之前联系我们，更有办法获得本次课程更新的视频）

课程简介

本课程一共3天，每天6节课，共18节课，全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的都是可以带你自己实现的分析)。从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和实战、单细胞转录组设计、分析标准流程、单细胞分型 (Cellranger, Seurat3, Scater, Monocle3, Scran)，Marker基因鉴定，Pseudo-time分析，单细胞整合分析（CCA，Seurat Anchor, label transfer, ）及功能富集分析及各类高级分析(WGCNA、通路图绘制等)，和CNS级图片修改排版。3天时间，老司机带您完成自学需要3个月甚至是1年的崎岖之路，助力您真正玩转单细胞转录组分析。

课程大纲

每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战实操，全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排，如11代表第一天第一节课，26代表第二天第六节课，41为两周后的线上集中视频答疑。

编号	主题	简介
11	单细胞转录组特点介绍	注意事项
12	单细胞转录组分析环境搭建	Win/Linux
13	二代三代测序原理介绍	建库测序过程及注意事项
14	单细胞数据预处理	原始数据到表达矩阵
15	基因富集分析和可视化	GSEA富集分析
16	文章常见图表解读	和Illustrator制作CNS标准图版
21	单细胞数据质控	细胞基因筛选
22	单细胞数据降维可视化	PCA，tSNE，umap
23	单细胞数据分型	Kmeans，层级聚类，graph-based method
24	可视化、分型实战	Seurat3
25	Marker基因鉴定	Seurat3, Scran
26	基于知识和常规转录组	细胞类型定义
31	单细胞发育轨迹分析	Paga, Monocle3
32	单细胞数据整合分析	高级分析, mnnCorrect, Seurat Anchor
33	单细胞数据影响因素鉴定	批次校正, Seurat Anchor
34	圆桌论坛	自评学习效果、知识点回顾
41	答疑-线上	答疑、考试内容串讲

教程内容简介如下：

单细胞转录组技术介绍

1. 单细胞转录组学研究技术介绍

2. 单细胞转录组学实验设计和测序原则、注意事项

3. 二代、三代测序过程和原理解析

4. 单细胞转录组学文章案例分析

5. 目标基因GSEA/GO富集分析

单细胞转录组分析

1. 单细胞数据预处理和校正

2. 细胞分型，PCA,  TSNE,  SC3聚类 (Seurat3, Monocle3, Scater)

3. 单细胞发育演化分析

4. 转录组常见图形在线绘制

5. 单细胞Marker基因鉴定，差异分析和功能分析

6. 单细胞数据整合分析、批次校正

单细胞数据可视化

绘制和理解单细胞分析常见图形

生信基础知识

1. Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用

2. Linux/Windows下转录组分析流程的搭建

生物学家必要掌握的Shell和R语言基础知识。

(如果基础薄弱，报名付款成功后，可免费领取基础程序课，做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)